Первоначально Томас готовился к церковной деятельности. В 1224/1227 году он стал каноником в Лозанне, в 1227 году пробстом Валенцы (Provost of Valence), а позже каноником в Лионе. В 1233 году Томас оставил свои духовные посты.
Благодаря браку с Жанной дочерью правителя Латинской империи Томас в 1237 году стал графом Фландрии и Генегау. Благодаря этому браку укрепилось положение Томаса и среди братьев: старший брат Амадей IV Савойский в нескольких завещаниях назначал Томаса наследником (в обход средних братьев), при условии, что тот выплатит компенсацию другим претендентам. После смерти Жанны в 1244 году, Томас вернулся в Савойю.
В 1247 году Амадей IV Савойский назначил Томаса князем Пьемонта в 1247 году, оставляя себя сувереном этих земель. В ноябре 1248 года император Фридриха II даровал Томасу Монкальери, Кастельвеккио и другие земли, а также назначил его Имперским викарием в Италии. Папа Иннокентий IV даровал Томасу титулы защитник церкви и гонфалоньера. В 1253 году Томас наследовал Амадею IV в графстве Савойя, как регент - соправитель с племянником Бонифацием. В 1259 году Томас умер отравленный ядом.
Второй муж с 2 апреля 1237 года Жанны, дочери Балдуина IX графа Фландрии и Генегау, Латинского императора (1200 - 5 декабря 1244). Муж с июня 1251 года Беатрисы Фиески, племянницы папы римского, Иннокентия IV, дочь графа Теодоро Фиески (-8/9 июль 1283). Томас II имел детей только во втором браке. Все последующие правители Савойи были его потомками.