Алан Джонстон раодился в Линди, Танганьика (теперь Танзания) в семье шотладцев Грэхема и Маргарет Джонстонов. Алан обучался в Академии Доллара в шотландском городе Доллар. Степень магистра Алан Джонстон получил в Университете Данди. Диплом журналиста Алан получил в Университете Уэльса в Кардиффе. В Би-би-си Джонстон пришел в 1991 году.