Родился в 1836 г., воспитывался в 1-м кадетском корпусе, откуда выпущен 11 июня 1855 г. прапорщиком в Лейб-гвардии Финляндский полк. Окончив в 1860 г. курс Николаевской академии Генерального штаба, вернулся в строй и в 1863—1864 гг. участвовал в подавлении Польского мятежа; за отличие награждён орденом св. Станислава 3-й степени с мечами и бантом, в 1866 г. получил этот же орден 2-й степени с мечами. В 1867 г. переведён в Генеральный штаб; в 1871 г. назначен начальником штаба 24-й пехотной дивизии и с ней принял участие в русско-турецкой войне 1877—1878 гг. Награждённый за боевые отличия при обороне Шипки и переходе через Балканы орденом св. Владимира 3-й степени и чином генерал-майора (29 сентября 1878 г.), Водар в 1878 г. был назначен командиром Лейб-гвардии Литовского полка, в 1880 г. награждён орденом св. Станислава 1-й степени, в 1883 г. — орденом св. Анны 1-й степени, в 1886 г. назначен начальником 2-го военного Константиновского училища; в 1887 г. произведён в генерал-лейтенанты. В 1891 г. назначен начальником 1-й гренадёрской дивизии; в 1898 г. — командиром 21-го армейского корпуса, в 1899 г. произведён в генералы от инфантерии; в 1903 г. назначен членом Военного совета; в 1906—1908 гг. входил в состав присутствия Верховного военно-уголовного суда, и под его председательством окончилось рассмотрение дела о сдаче Порт-Артура. По окончании этого процесса на Водара высочайше возложено было производство опытов по введению в войсках нового порядка военного хозяйства интендантского ведомства. Награждён всеми российскими орденами до ордена св. Владимира 1-й степени включительно. Умер 18 декабря 1915 г. в Петрограде.
Его младший брат, Василий Карлович, также участвовал в русско-турецкой войне 1877—1878 гг. и дослужился до генеральских чинов, умер в 1881 г.