Во время Первой мировой войны выступал против союза Болгарии с центральными державами, за что был приговорён к пожизненному заключению, выпущен после поражения Болгарии в войне. Как премьер, последовательно выполнял требования победивших держав Антанты, чем вызвал серьёзное недовольство офицерства. Был сторонником федерации южных славянских народов, считал себя самого югославом.
Во время военного переворота под предводительством Александра Цанкова 9 июня 1923 года Стамболийский был свергнут. Его заманили, якобы для переговоров, на встречу с царём Борисом III, где он был схвачен, подвергнут пыткам и убит.
В 1974 г Болгария выпустила памятную монету номиналов в 5 лев с портретом Александра Стамболи?йского. Монета посвящена 50 летию со дня смерти. Вес 20,5 гр, серебро 900 пробы.