1973 год — окончил Ленинградский институт инженеров железнодорожного транспорта имени академика В. Н. Образцова. Работал по специальности на предприятиях города Гатчины Ленинградской области.
1975 год — окончил Высшую школу КГБ СССР имени Ф. Э. Дзержинского в Москве.
С 1975 года в органах государственной безопасности. Проходил службу на должностях оперативного и руководящего состава в контрразведывательных подразделениях УКГБ СССР по Ленинградской области — УФСБ России по г. Санкт-Петербургу и Ленинградской области.
До 1991 г. член КПСС.
До июня 2003 года — заместитель начальника Управления ФСБ России по Санкт-Петербургу и Ленинградской области по контрразведывательным операциям.
С 1 июля 2003 года до 28 февраля 2004 года — начальник Управления ФСБ России по Санкт-Петербургу и Ленинградской области.
Со 2 марта 2004 года — заместитель директора ФСБ России — начальник Департамента экономической безопасности ФСБ России.
С 11 июля 2004 года — руководитель Службы экономической безопасности ФСБ России.
С июля 2004 года — член Межведомственной рабочей группы по разработке концепции национальной стратегии противодействия легализации преступных доходов.
С октября 2004 года — член Правительственной комиссии по вопросам экономической интеграции.
С ноября 2004 по май 2008 года — член совета директоров ОАО «Совкомфлот».
С апреля 2005 года — член Комиссии по экспортному контролю РФ.
С декабря 2005 года — член Правительственной комиссии по вопросам топливно-энергетического комплекса и воспроизводства минерально-сырьевой базы.
С апреля 2006 года — член Правительственной комиссии по обеспечению интеграции предприятий авиастроительного комплекса Российской Федерации.
С 12 мая 2008 года — Директор ФСБ России, а с 25 мая — также Постоянный член Совета безопасности РФ.
С 19 мая 2008 года — член Совета и президиума Совета при Президенте РФ по противодействию коррупции.
С 22 мая 2008 года — председатель Совета руководителей органов безопасности и спецслужб стран СНГ.
С 17 октября 2008 года — член Совета при Президенте РФ по развитию финансового рынка.
С 1 ноября 2008 года — член Совета и президиума Совета при Президенте РФ по развитию информационного общества в Российской Федерации.
Женат, есть сын, дочь.
Сын Денис Александрович Бортников (род. 19 ноября 1974 года) окончил Санкт-Петербургский государственный университет экономики и финансов. С 1996 по 2004 год работал в ОАО «Промышленно-строительный банк» (в июне 2007 года переименован в ОАО «Банк ВТБ Северо-Запад»). Решением Наблюдательного совета ОАО «Банк ВТБ Северо-Запад» от 19 января 2011 года назначен на должность председателя правления банка с 1 февраля 2011 года.