Родилась Худякова 20 июня 1917 года в деревне Новая Слобода Карачевского района Брянской области в крестьянской семье. Русская.
Окончила Бежицкий машиностроительный техникум, затем в 1940 году — Херсонскую авиационную школу. После школы работала лётчиком-инструктором в Орловском аэроклубе.
В Красной Армии с октября 1941 года. В 1942 году окончила Курсы усовершенствования командного состава. Участвовала в сражениях Великой Отечественной войны с мая 1942 года.
За время войны заместитель командира эскадрильи 46-го гвардейского ночного бомбардировочного авиаполка (325-я ночная бомбардировочная авиационная дивизия, 4-я воздушная армия, 2-й Белорусский фронт) Худякова А. Ф. произвела 926 боевых вылетов на бомбардировку войск противника.
После войны находилась в запасе, затем в отставке. Член КПСС с 1952 года.
Жила в городе Александрия Кировоградской области Украины.
Умерла 17 декабря 1998 года.