Айдын Мамедов родился в Геранбойском районе Азербайджанской ССР . В 1965 году окончил Азербайджанский сельскохозяйственный институт.
В 1965 — 1967 годах работал ассистентом в Азербайджанском СХИ. В 1967 — 1970 годах — аспирант Московской сельскохозяйственной академии им. К. А. Тимирязева. С 1973 по 2003 год — доцент, профессор, заведующий кафедрой, декан Азербайджанского сельскохозяйственного института. С 1994 по 2003 год — руководитель экспертной группы по экономическим вопросам аграрного сектора Милли Меджлиса Азербайджана. В 1991 году был избран член-корреспондентом ВАСХНИЛ. В 2001 году — член-корреспондент НАНА.
В 1999 году в городе Гяндже основал и был руководителем Регионального Сельскозяйстенного Консалтингового Центра (Центр реализовывал международный проекты Всемирного банка, ООН по вопросам продовольствия и сельского хозяйства, структур Европейского союза и др. по оказанию технической помощи сельскому хозяйству Азербайджана)
Айдын Мамедов — ученый в области экономики и управления АПК. Основные научные исследования посвящены вопросам совершенствования экономических взаимоотношений в республиканском агропромышленном комплексе. Особое внимание А. Мамедов уделял культуре хлопчатника.
А. Мамедов — один из авторов концепции основных направлений аграрных реформ в Азербайджане, принимал активное участие при подготовке законов, принятых в этой области.
Автор 115 научных трудов, из них 30 опубликовано за рубежом.
Айдын Мамедов женился в 1972 году на Рене Рустамовой. У них четыре сына.