Неоднократно приглашался для работы в центральных органах массовой информации Украинской ССР и СССР, но неизменно отклонял эти предложения. Был критиком мэра Одессы Эдуарда Гурвица.
Был застрелен утром 11 августа 1997 года по дороге из дома на работу в Одессе на улице Академика Филатова недалеко от площади Независимости. Убийство имело признаки заказного. О возможных заказчиках убийства ничего не известно. Предполагаемый убийца — Александр Глек, задержан и осужден 19 марта 1999 года Одесским областным судом под председательством судьи Погорелого Ю. А. (с участием судьи Негина А. К., прокурора Дегтева С. Г.) к смертной казни, которая заменена пожизненным лишением свободы, однако сомнения в его причастности к делу не покидали ни общественного обвинителя, ни свидетелей публичного процесса. Можно считать, что убийство до сих пор не раскрыто.
На месте убийства поставлена мемориальная плита. В честь Бориса Федоровича Деревянко названа одна из площадей Одессы (Киевский район, поселок Таирово, бывшая площадь Конституции).