Борис Ширяев родился в Москве в 1887 году (по другим данным в 1889 году) в семье родовитого помещика. По окончании историко-филологического факультета Московского университета занимался педагогической деятельностью, театром. Затем учился в Геттингенском университете (Германия). Вернувшись в Россию, окончил Императорскую военную академию. Во время первой мировой войны ушёл на фронт, дослужился до звания штабс-капитана. В 1918 году вернулся в Москву и предпринял попытку пробраться в Добровольческую армию, но был задержан и приговорен большевиками к смертной казни за попытку перехода границы. За несколько часов до расстрела бежал.
В 1922 году — новый арест, Бутырка. Ширяева приговорили к смертной казни, которая была заменена на 10 лет ссылки в Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН). В СЛОНе наряду с каторжными работами Борис Николаевич участвовал в лагерном театре и журнале «Соловецкие острова», где в 1925—26 опубликовал повесть «1237 строк» и несколько стихотворений: «Соловки», «Диалектика сегодня», «Туркестанские стихи» и др. Ширяев собирал и записывал лагерный фольклор, который был издан отдельным сборником тиражом 2000 экз. В 1929 заключение в СЛОНе было заменено ссылкой на 3 года в Среднюю Азию, где Борис Николаевич работал журналистом. По возвращении в 1932 в Москву Ширяев был снова арестован и сослан на 3 года в слободу Россошь (Воронежская область).
В 1935—1942 годах жил на Северном Кавказе в Ставрополе и Черкесске. До начала Великой отечественной войны Ширяеву удавалось урывками возвращаться к преподавательской деятельности и читать лекции в провинциальных высших учебных заведениях. Накануне и в начале войны Ширяев преподавал историю русской литературы в Ставропольском педагогическом институте. После оккупации Ставрополя германскими и румынскими войсками (3 августа 1942 года) и закрытия института Борис Ширяев возглавил редакцию газеты «Ставропольское слово», первый номер которой в объёме четырёх страниц вышел уже через неделю после прихода немцев. Она носила явный антисоветский характер, хотя немецкой цензуре в ней подвергалась только сводка новостей с фронта. Через четыре месяца газету, переименованную в «Утро Кавказа», распространяли уже по всему северокавказскому региону.
При подступе к городу советских войск Ширяев был вынужден покинуть Ставрополь вместе с немцами. В мае 1943 года он посетил школу РОА в Дабендорфе (под Берлином).
Борис Ширяев являлся капитаном РОА, сотрудничал с издававшейся в Крыму профашистской газетой «Голос Крыма», а в июне 1943 года в Симферополе ему от имени Верховного германского командования был вручен учрежденный Гитлером орденский знак для отличившихся в борьбе с большевизмом.
В «Неугасимой лампаде» присутствует косвенная критика как РОА, так и её главнокомандующего Власова А. А. Вероятно, с 1944 года Ширяев был как-то задействован в Казачьем стане, в работе журнала «На казачьем посту» и в идейном оформлении казачьего движения 1943—1945 годов, которое участвовало в боевых действиях на стороне вермахта сначала в Польше, потом в Северной Италии.
В Италии Борис Ширяев активно писал прозу и литературоведческие статьи, публиковался в русских журналах «Возрождение» и «Грани». Первые три книги Ширяева — «Ди-Пи в Италии» (1952), «Я человек русский» (1953) и «Светильники Русской Земли» (1953) вышли в Буэнос-Айресе, при содействии его единомышленника, проживающего в Аргентине монархического публициста и издателя Ивана Солоневича, брат которого, Борис Солоневич, также сидел в СЛОНе.
Самое известное произведение Бориса Ширяева «Неугасимая лампада» посвящено его пребыванию в лагере на Соловках. Это документальный роман, который состоит из серии рассказов о наиболее ярких событиях и встречах автора на Соловецкой каторге. «Посвящаю светлой памяти художника Михаила Васильевича Нестерова, сказавшего мне в день получения приговора: „Не бойтесь Соловков. Там Христос близко“», — написал Борис Ширяев в посвящении к «Неугасимой лампаде». По свидетельству автора книгу он писал с середины 1920-х, а завершил в эмиграции на острове Капри в 1950 году.
Скончался Борис Николаевич Ширяев 17 апреля 1959 года в Сан-Ремо.