Джако Пасториус родился в Пенсильвании, но вскоре его семья переехала в Форт-Лодердейл (Флорида), где к нему позже и пришла первая слава. Музыкальная карьера Пасториуса началась в 12 лет с игры на ударных, чему его обучил отец. В 13 лет из-за перелома руки и неправильного срастания костей Пасториус оставляет ударные и начинает изучать гитару, саксофон и фортепиано. В 17 лет Пасториуса еще раз прооперировали, и он решил оставить свой выбор на бас-гитаре. В 1974 он начал играть со своим другом Пэтом Мэтини. В 1976 Пасториус был приглашён в группу Weather Report, где он играл с Джо Завинулом и Уэйном Шортером до 1982. Первый альбом Джако Пасториуса вышел в 1976 году. В период с 1980 по 1984 годы Пасториус совершил ряд турне со своим биг-бэндом Word of Mouth.
Джако Пасториус записал также несколько альбомов с певицей Джони Митчелл.
В середине 1980-х годов у Пасториуса начались проблемы с психикой, налицо были симптомы маниакально-депрессивного психоза. Его здоровье ухудшалось из-за употребления наркотиков и алкоголя. В итоге Джако Пасториус потерял уважение респектабельной публики и стал изгоем музыкального бизнеса. В 1987 году в Форт-Лодердейле в клубе Midnight Club одна из ссор с тамошним вышибалой закончилась дракой. Врачи констатировали необратимое поражение головного мозга. Пасториус скончался, не выходя из комы, 21 сентября 1987 года.
В честь великого басиста Майлз Дэвис на альбоме Amandla вместе с Маркусом Миллером записал композицию «Mr. Pastorius».
У Пасториуса есть два сына и дочь. Феликс Пасториус (играет на бас-гитаре) и Джулиус Пасториус (играет на ударных). Дочь Мэри Пасториус занимается вокальным джазом.