Макгинли, один из пятерых детей, родился в Нью-Йорке в семье учительницы Патриции и брокера Джеральда Макгинли (Gerald McGinley).
В 2001 году Макгинли начинает сниматься в ситкоме канала NBC Клиника в роли опытного и своенравного врача Перри Кокса.
В феврале 1997 Макгинли женился на Лорен Ламберт. Их сын Макс родился с синдромом дауна. В декабре 2001 Ламберт и Макгинли развелись, однако в октябре 2002 Джон был назван сайтом iParenting.com «отцом месяца». В августе 2006 Джон был помолвлен с инструктором по йоге из Малибу Николь Кесслер, с которой к тому времени встречался уже два года. Пара поженилась 7 Апреля 2007 года на частной церемонии у них дома. В начале 2008 года у них родилась дочь, которую назвали Биллия Грейс.