Джон МакиНери родился 1 ноября 1943 года в городе Бирмингем. Его братья: актёр Питер МакИнери и фотограф Дэвид МакИнери.
Джон проходил обучение в театральной школе Old Vic в Бристоле. Актёрскую карьеру начал в двадцатилетнем возрасте, впервые появившись на театральной сцене ливерпульского театра Everyman Theatre. После трёх лет работы в Ливерпуле вступил в «Британскую Национальную Театральную Труппу» Лоуренса Оливье, где исполнил множество ролей, в том числе в пьесе Шекспира «Много шума из ничего» поставленной Франко Дзеффирелли.
В 1965 году впервые появился в кино, исполнив одну из ролей в экранизации трагедии Уильяма Шекспира «Отелло» режиссёра Стюарта Бёрджа. Второй его работой стала роль Меркуцио в ещё одной экранизации Шекспира, «Ромео и Джульетта» Франко Дзеффирелли. Эта роль принисла актёру популярность и номинацию на премию BAFTA.
В мае 1973 года Джон МакИнери женится на актрисе Стефани Бичем. Их брак продлился пять лет и подарил Джону двоих дочерей, Фиби и Холли.
В 1990 году артист вновь приступает к сотрудничеству с Дзеффирелли и снимается в третьей в жизни экранизации Шекспира, на сей раз в Гамлете.
В 1998 в честь четырёхсотлетнего юбилея театра Глобус актёр пишет пьесу «С Рождеством, Мистер Бурбаж».
В 2004 году Джона МакЭнери вновь ждёт встреча с Шекспиром — он появляется на сцене Глобуса в роли монаха Лоренцо в постановке «Ромео и Джульетта» режиссёра Тима Кэрролла.