Перрен начинал играть в хоккей в хоккейной команде Вермонтского Университета, попал в НХЛ незадрафтованным. После нескольких лет, проведенных в низших хоккейных лигах, включая финскую СМ-Лигу, Перрен попал в«Херши Бэрс» когда его позвали в основу на оставшиеся 4 матча в сезоне 2003-2004. Он сделал одну голевую передачу в победном для Тампы плей-офф.
Во время локаута в НХЛ 2004-2005, Перрен подписал контракт с командой АХЛ «Херши Бэрс», где он был назван MVP команды, а также человеком года за его благотворительные вклады. Следующий сезон, Эрик провел в швейцарском Берне. Как только закончился сезон в Швейцарии, Эрик переподписал контракт с Тампой, и 2 ноября 2006 года он забросил первую свою шайбу в НХЛ в ворота Филадельфии Флайерз.
Перрен подписал контракт с Атлантой 1 июля 2007 года. В сезоне 2007-2008 Атлантой, Эрик сделал рекордные 33 передачи и набрал 45 очков. 3 сентября 2009 года подписал контракт с Авангардом (Омская область).
Эрик Перрен - лучший друг игрока Тампы Мартина Сан-Луи.