Единственный сын первой жены Наполеона Жозефины Богарне. Его отец, виконт Александр де Богарне, был генералом революционной армии. В годы Террора его незаслуженно обвинили в предательстве и казнили.
После брака матери с Наполеоном 1 февраля 1805 года Евгений получил титул принца Французской империи, 2 февраля 1805 года — Орден Почётного легиона, а 7 июня 1805 года — титул вице-короля Италии. В 1812 году командовал 4-м (итальянским) пехотным корпусом Великой Армии.
Евгений стал фактическим правителем Италии (титул короля носил сам Наполеон), когда ему было всего 24 года. Но он сумел управлять страной достаточно твердо: ввёл в действие Гражданский кодекс, реорганизовал армию, обустраивал страну каналами, укреплениями и школами и сумел заслужить любовь и уважение своего народа.
В 1805 году Евгений получил большой крест ордена Железной короны и большой крест ордена Святого Губерта Баварского. 23 декабря 1805 года он был назначен главнокомандующим корпусом, блокировавшим Венецию, 3 января 1806 года — главнокомандующим Итальянской армией, а 12 января 1806 года — генерал-губернатором Венеции.
Церемония коронации Итальянского вице-короля, подготовленная графом Луи-Филиппом Сегюром, проходила в Миланском соборе 26 мая 1805 года. Для коронационных одежд были выбраны зеленый и белый цвета. На портретах художники А. Аппиани и Ф. Жерар запечатлели эти роскошные одеяния. Сочетание элегантного покроя и виртуозного исполнения позволяет предположить, что костюм был исполнен в мастерской придворного вышивальщика Пико, который выполнял заказы по изготовлению коронационных костюмов Наполеона I, используя модели, предложенные художником Жан-Батистом Изабе и утвержденные самим Императором. На плаще вышиты звезды орденов Почетного легиона и Железной короны. (Малый коронационный костюм экспонируется в Государственном Эрмитаже. В Россию попал как семейная реликвия вместе с коллекцией оружия, которую привёз младший сын Евгения Богарне — Максимилиан, герцог Лейхтенбергский, муж дочери императора Николая I Марии Николаевны).
После первого отречения Наполеона Евгений Богарне всерьёз рассматривался Александром I в качестве кандидата на французский престол. За отказ от своих итальянских владений получил 5000000 франков, которые передал своему тестю — королю Баварии Максимилиану-Иосифу, за что был «помилован» и пожалован титулами ландграфа Лейхтенбергского и князя Айхштетского (по другим данным — купил их в 1817 году).
Дав слово не поддерживать более Наполеона, не принимал участия (в отличие от сестры Гортензии) в его реставрации во время «Ста дней», а в июне 1815 года был пожалован Людовиком XVIII титулом пэра Франции.
До самой смерти жил в своих баварских землях и активного участия в европейских делах не принимал.
20 июня 1805 года была основана первая Великая ложа Италии — Великий восток Италии, первым Великим мастером (командором) которой стал Евгений Богарне. Он оставался на должности Великого мастера до 1814 года.
14 января 1806 года, в Мюнхене (Бавария), Евгений женился на Августе (1788—1851), принцессе Баварской, дочери Максимилиана I, короля Баварии и Августы, ландграфини Гессен-Дармштадтской. Супруги имели 7 детей: