Родился 21 октября 1972 года в Симферополе, отец — украинский генерал-майор Николай Цыбуленко, с 1992 года — член-корреспондент Инженерной академии Украины по специальности коммуникации, внесший большой вклад в становление армии независимой Украины, особенно в Крыму.
Евгений Цыбуленко окончил институт международных отношений Киевского национального университета имени Тараса Шевченко (1996), где впоследствии защитил диссертацию (2000). Проводил пост-докторские исследования в Международном институте прав человека университета DePaul (англ. ) в Чикаго (2002).
С 1994 работал юристом в Красном Кресте Украины. В 1996 году перешел в Международный комитет Красного Креста, где проработал до 2000 года. С 2000 по 2003 работал доцентом в Киевском международном университете.
В 2003 году приехал в Эстонию на должность доцента Международного университета Аудентес, который впоследствии вошел в состав ТТУ. В 2005 году был избран профессором и получил должность заведующего кафедрой международного и сравнительного права. Являлся основателем центра по правам человека при университете Аудентес и с 2007 по 2009 — его первым директором.
Является автором более чем 35 книг и научных статей, а также автором более чем 100 публицистических статей, комментариев и интервью. Принимал участие в разработке ряда украинских законов. Является внешним экспертом Международного комитета Красного Креста, Эстонского Красного Креста, Эстонской комиссии по вопросам интеграции, Европейской комиссии и ОБСЕ. Лектор международных летних курсов по международному гуманитарному праву (МГП) в Варшаве, летней школы по МГП для стран СНГ и летней Балтийской академии по МГП.
В декабре 2009 года по представлению министра образования и науки Тыниса Лукаса, Цыбуленко было объявлено о предоставлении гражданства Эстонии за особые заслуги. По этой статье гражданство Эстонии может предоставляться не более чем десяти лицам в год. Решение о предоставлении эстонского гражданства вступит в силу после того, как Цыбуленко откажется от гражданства Украины: эстонский Закон о гражданстве не допускает наличия у натурализованного гражданина иного гражданства кроме эстонского.
Cвободно владеет украинским, английским и русским языками. В Эстонии преподает на английском и русском языках. Эстонским языком, по собственному признанию, владеет плохо, однако продолжает его изучение.
Во время кризиса вокруг «Бронзового солдата» Цыбуленко стал инициатором и автором открытого письма в поддержку действий правительства Эстонии, подписанного 28 преподавателями ВУЗов. Среди других известных подписантов открытого письма — профессор Тартуского университета Юри Сепп, Ректор Международного Университета Audentes Пеэтер Мююрсепп (на сегодня — профессор Таллинского технического университета), вице-ректор по исследовательской работе Международного Университета Audentes Ивар Райг (на сегодня — профессор Таллинского университета), профессор Международного Университета Audentes Тоомас Варрак (на сегодня — профессор Таллинского технического университета), ректор Эстонской бизнес-школы Пеэтер Кроссь, а также Март Хельме, бывший посол Эстонии в России.
В январе 2009 года Цыбуленко присоединился к письму с требованием пересмотра решения Харьюского уездного суда об оправдании антифашистов, обвиняемых в организации массовых беспорядков в ходе кризиса вокруг памятника Бронзовый солдат и о продолжении процесса до обвинительного приговора. Составителями письма были известные эстонские националисты Мартин Хельме, Ааво Саавич, Эрго Рикманн и другие. Кроме Цыбуленко, письмо подписало около двух тысяч активистов эстонских националистических организаций и движений.
12 ноября 2007 года Цыбуленко стал директором открытого в Таллине при университете Audentes Центра по правам человека, пятого по счёту в Эстонии. Давая интервью эстонскому телевидению по этому случаю, профессор назвал неправительственный Центр информации по правам человека своим оппонентом.
2009 году центр был разделён на две части — фонд «Эстонский центр по правам человека» и центр по правам человека школы права ТТУ. С 2010 года Цыбуленко является директором центра по правам человека школы права ТТУ и председателем совета фонда «Эстонский центр по правам человека».
Центр осуществляет мониторинг прав человека в Эстонии, а также организовывает различные мероприятия, посвящённые правам человека. Наиболее известными в Эстонии являются организация ежегодной недели фильмов по правам человека в рамках Талиннского кинофестиваля "Темные ночи", а также компания социальной рекламы по толерантности.
Создание центра было одним из оснований предоставления Цыбуленко гражданства Эстонии за особые заслуги.
В сентябре 2009 года директор Центра информации по правам человека А. А. Семёнов заявил, что «никаких признаков деятельности правозащитный центр Евгена Цыбуленко по сей момент не подавал». По мнению Семёнова, особого интереса высказывания Цыбуленко по проблемам дискриминации и прав человека не представляют, поскольку «по неведомой причине регулярно целиком и полностью совпадают с позицией правительства, полиции и правящей в данный момент коалиции».. В своем ответе Семенову Цыбуленко заявил: «Я не знаю, зачем уважаемому правозащитнику потребовалось демонстрировать на всю страну свою неосведомленность. Перед тем, как делать подобные заявления, можно было зайти на сайт нашего центра www.humanrights.ee и ознакомиться с тем, чем занимаются коллеги по правозащитной деятельности, тем более, что никакого секрета из своей деятельности мы не делаем», после чего добавил: «Мне, например, в свою очередь кажется, что по „неведомой причине“ взгляды Алексея Семенова регулярно целиком и полностью совпадают с позицией МИДа РФ.»
Широкую известность получила поддержка Цыбуленко решения об отключения трансляции передач российского телевидения в эстонских тюрьмах и призыв распространить эту практику на всю страну.
По словам Цыбуленко, публицистикой он начал активно заниматься после событий «бронзовой ночи».
Цыбуленко выступает с регулярными (в 2007-2009, еженедельными) комментариями на эстонском государственном русскоязычном Радио 4. Цыбуленко также участвует в программах и дает интервью на радио и ТВ разных государств.
Ряд российских изданий обвинили Цыбуленко в русофобии.
9 августа 2008 года эстонский интернет-портал Kalev.ee опубликовал статью «2010 год — Русские войска в Ида-Вирумаа», которая была переопубликована рядом других порталов, в том числе inoСМИ.ru, Georgian Daily и экстремистским порталом Кавказ-центр. В августе 2008 года на портале Kalev.ee была опубликована статья Цыбуленко «Мюнхенский сговор 2, или Европейский театр абсурда».
Сам Цыбуленко обвинения в русофобии категорически отвергает:
Цыбуленко помогает публиковаться в Эстонии оппозиционным российским авторам.
22 апреля 2010 года Цыбуленко опубликовал на портале DELFI одну из самых резонансных своих статей по итогам президентских выборов на Украине под названием «Спасти Украину!», в которой написал, что конец России в нынешнем виде неизбежен и её территория начнёт быстро распадаться на удельные княжества. Далее в той же статье он заявил:
Цыбуленко провёл параллель между Украиной и ФРГ, заявив, что западная часть Германии, отказавшись объединения с восточной, в итоге стала мощным государством и в конце концов присоединила к себе ГДР.
Статья вышла также на украинском языке и была опубликована многими российскими и украинскими порталами. Впоследствии Цыбуленко существенно дополнил данную статью, рассмотрев также исторические аспекты вопроса. Новая статья вышла под названием «Упущенный шанс Украины» на русском и украинском языках.
В 2011 году перевел на украинский язык стихотворение Юрия Нестеренко "Это я расстрелял Че Гевару".