Гонгадзе был похищен и убит в 2000 году. Обстоятельства его смерти стали национальным скандалом и поводом для протестов против президента Леонида Кучмы. Во время кассетного скандала были опубликованы аудиозаписи, на которых Кучма, Владимир Литвин и другие высокопоставленные чиновники якобы обсуждают необходимость заставить замолчать Гонгадзе из-за его интернет-статей о коррупции на высоком уровне. Никому всё ещё не были предъявлены обвинения в отдаче приказа убить Гонгадзе.
23 августа 2005 года президент Виктор Ющенко посмертно присудил Гонгадзе звание Героя Украины.
Георгий Гонгадзе родился 21 мая 1969 года в Тбилиси в семье грузинского диссидента и режиссёра Руслана Гонгадзе и львовянки Леси Гонгадзе (урождённой Корчак).
После окончания школы поступил на вечернее отделение факультета романо-германской филологии Тбилисского университета.
В 1987—1989 годах проходил службу в Афганистане. После увольнения в запас вернулся в Тбилиси, в котором в апреле 1989 года были жёстко подавлены массовые протесты. По примеру отца (лидера одной из национал-демократических партий) погрузился в общественно-политическую работу; возглавил информационный отдел Народного фронта Грузии.
Осенью 1989 года переехал во Львов, перевёлся на факультет иностранных языков Львовского государственного университета имени Франко, активно включился в общественно-политическую жизнь города (НРУ, Студенческое братство), создал здесь Грузинский культурный центр Багратиони. Женился на львовянке Марьяне Спыхальской, но этот брак продлился недолго.
В это время президент Грузии Звиад Гамсахурдия начал преследование политических оппонентов, в число которых попал и Руслан Гонгадзе. Когда в 1991 году в Тбилиси начался антиправительственный мятеж, Георгий вернулся на родину и присоединился к повстанцам.
После победы восстания вернулся во Львов, начал заниматься кинодокументалистикой, познакомился со студенткой юрфака ЛНУ Мирославой Петришин, которая в 1995 году стала его женой. В 1997 году у них родились дочери-близнецы Нонна и Саломея (Нани и Саломе).
В 1993 году, вскоре после смерти отца, Георгий прибыл в Грузию с намерением снять документальный фильм о войне в Абхазии. Попав на линию фронта, присоединился к армии. Во время одного из обстрелов был тяжело ранен, его вывезли из осаждённого Сухума самолётом под зенитным обстрелом за несколько дней до падения города.
В 1993—1994 годах был главным режиссёром творческого объединения «Центр Европы» (на львовском телевидении выходила его программа «Монитор»), сотрудничал с газетой «Пост-Поступ». В этот период создал документальные фильмы «Боль земли» (1993), «Тени войны» (1994), «Колыбель» (1995), «Хранители мечты» (1996) (некоторые из них в то время демонстрировались в эфире украинского телевидения).
В 1995 году Георгий и Мирослава переехали в Киев, начали работать на телевидении (ММЦ «Интерньюз», программа «Параграф», 1995).
В 1996—1997 годах Георгий работал ведущим телепрограммы «Окна-Плюс» на СТБ. В начале 1998 года был ведущим программы «Мой» (телерадиокомпания «Гравис»). В 1998—1999 годах был фактически безработным. С 1 октября 1999 года (во время президентской избирательной кампании) начал вести ежедневную информационную программу «Первый тур с Георгием Гонгадзе» в прямом эфире радиостанции «Континент».
17 апреля 2000 в Интернете появилось издание «Украинская правда», основанное Георгием Гонгадзе. В нём, среди прочих, публиковались критические материалы о Леониде Кучме и его окружении.
В конце июня 2000 года Гонгадзе заметил за собой негласное наблюдение. В частности, неизвестные лица сопровождали его на автомобиле «Жигули». Этот автомобиль утром ожидал Георгия возле его дома, а вечером — возле работы. 14 июля 2000 года Гонгадзе официально обратился с письмом к генеральному прокурору Михаилу Потебенько, в котором изложил факты о слежке за ним сотрудников милиции и неизвестных лиц.
16 сентября 2000 года около 22:30 Георгий Гонгадзе ушёл от коллеги и любовницы Алёны Притулы, но дома так и не появился. 2 ноября в лесу возле Таращи был обнаружен обезглавленный труп. Жена и друзья узнали в нём Георгия, но окончательного заключения экспертиза не сделала.
Три бывших сотрудника Департамента внешнего наблюдения и уголовной разведки МВД (Валерий Костенко, Николай Протасов и Александр Попович) были обвинены в убийстве Гонгадзе в марте 2005 года и четвёртый (Алексей Пукач, бывший начальник главного управления уголовного розыска МВД) в июле 2009 года. В марте 2008 года суд приговорил Протасова к 13 годам лишения свободы, а Костенко и Поповича — к 12. Семья Гонгадзе убеждена, что заказчики убийства остались безнаказанными. Никому до сих всё ещё не были предъявлены обвинения в отдаче приказа убить Гонгадзе.