Сын известного хирурга Льва Моисеевича Ратнера (1886, Смоленск —1953).
После окончания школы поступил в Московский энергетический институт. В связи с началом Великой отечественной войны был мобилизован в числе других студентов, водил троллейбус в Москве взамен отправленных на фронт водителей. По просьбе направлен в Одесское артиллерийское училище, затем на фронт. Получил четыре ранения, в том числе серьёзную травму правой кисти, приведшую к её контрактуре. Закончил войну в качестве командира разведывательного взвода.
Из-за травма кисти отказался от работы инженером и поступил в Свердловский медицинский институт, который окончил в 1949 году. Заинтересовался хирургией, и ради работы по специальности, стал разрабатывать травмированную кисть. Закончил клиническую ординатуру у профессора А. Т. Лидского. По ее окончании уехал в Комсомольск-на-Амуре, где заведовал хирургическим отделением.
В 1954—1962 годах — доцент хирургической кафедры в Челябинском медицинском институте. В конце 1950-х — начале 1960-х годов увлекся новыми в то время разделами хирургической медицины — торакальной и сердечно-сосудистой хирургией, и организовал первое на Урале отделение торакальной хирургии, где оперировал больных с заболеваниями легких, пищевода и сердца.
В 1955 году защитил диссертацию по реконструктивной хирургии артерий. Написал основополагающие книги «Пластика кровеносных сосудов» (1959), «Реконструктивная хирургия аорты и магистральных сосудов» (1965), «Заболевания кровеносных сосудов» (1969).
В 1962 году избран на должность заведующего кафедрой факультетской хирургии Куйбышевского медицинского института, которой продолжал заведовать на протяжении 39 лет. Под его руководством в клинике разработаны актуальные проблемы современной хирургии: восстановительные операции на сосудах, хирургия сердца, создание аппаратуры искусственного кровообращения, электростимуляция органов, хирургия легких, пищевода, желудка и желчевыводящих путей, симптоматической артериальной гипертензии и др.
Передавал опыт коллегам из клиник Парижа, Лиона, Марселя, Стокгольма, Амстердама, Чикаго, Сан-Франциско.
Под редакцией Г. Л. Ратнера вышли монографии «Экстракорпоральное кровообращение» (1965), «Гипербарическая оксигенация» (1979), «Хирургия аорты и артерий» (1982). Является автором книг для широкой аудитории — «Как написать медицинскую диссертацию», «Моя профессия — хирург», «Как сохранить молодость», «Как выйти живым из больницы» и четырех книг афоризмов.
Школа Г. Л. Ратнера включает 33 доктора и 91 кандидат медицинских наук, более 100 практических хирургов. Среди них — профессора, заведующие кафедрами: