Георгий Петрович Щедровицкий родился в семье инженера и хозяйственного руководителя П. Г. Щедровицкого (старшего) и врача-микробиолога К. Н. Щедровицкой (урождённой Баюковой; 1904—1994).
В 1937 году он поступил во второй класс 2-й средней школы и учился в ней до эвакуации семьи в г. Куйбышев. В Куйбышеве параллельно с учёбой в школе работал санитаром в госпитале и шлифовальщиком на военном заводе. В 1943 году вместе семьёй возвратился в Москву и продолжил учёбу в 150-й школе. В 1946 году закончил эту школу с серебряной медалью.
С 1946 по 1949 год учился на физическом, а с 1949 года — на философском факультете МГУ, который закончил с отличием в 1953 году. В 1964 году защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата философских наук.
Член КПСС с 1956 по 1968 год (исключён за подписание так называемого «Письма 170-ти» в защиту Александра Гинзбурга и Юрия Галанскова).
В 1951—1958 годах работал школьным учителем; в 1958—1960 годах — редактором издательства АПН РСФСР. В 1960—1965 годы — научный сотрудник НИИ дошкольного воспитания АПН РСФСР; в 1965—1974 годы — научный сотрудник научно-исследовательских и проектных организаций; в 1974—1980 годы — преподаватель МОГИФК; в 1980—1983 годы — научный сотрудник НИИОП АПН. С 1983 по 1992 год — заведующий лабораториями в проектно-исследовательских организациях.
В период 1990—1994 годов — главный редактор журнала «Вопросы методологии»; с 1988 года — председатель Комитета по системомыследеятельностной методологии и ОДИ Правления Союза научных и инженерных обществ СССР.
Последние годы Щедровицкий прожил и провёл в кругу молодых «банкиров» в Международной Академии Бизнеса и Банковского Дела (МАБиБД, г. Тольятти, Ягодинский лес). С 2000 года проект МАБиБД был переименован в Тольяттинскую Академию Управления (ТАУ, «Русская школа управления»), ректором которой с 2008 года является ученик Щедровицкого Н. Ф. Андрейченко. Предыдущий ректор А. Е. Волков занимается проектом МШУ «Сколково».
Был трижды женат: на Н. П. Мостовенко, И. А. Щедровицкой (Кривоконевой) и Г. А. Давыдовой. От первого брака родилась дочь, от второго — сын Пётр.
Скончался в посёлке Болшево Московской области зимой 1994 года.
Щедровицкий — один из основателей Московского логического кружка (с 1952 года; в Кружок также входили Б. А. Грушин, А. А. Зиновьев и М. К. Мамардашвили) и идейный и организационный лидер его непосредственного продолжения — Московского методологического кружка (ММК).
Отстаивал идею приоритета деятельностного подхода над натуралистическим как в гносеологическом так и в онтологическом планах. Разрабатывал идею самоопределения методологии «как общей рамки всей жизнедеятельности людей». Предложил и развивал оригинальную логико-методологическую программу, прошедшую этапы:
В развитие и социально-практическое воплощение своих философско-методологических идей предложил новую форму организации коллективных мышления и деятельности — организационно-деятельностные игры (ОДИ), соединяющие в себе свойства учебно-деловых игр и интеллектуального методологического дискурса (с 1979 по 1993 годы организовал и провел 93 игры).
Круг интересов и размах научного творчества Щедровицкого был чрезвычайно широк и разнообразен: педагогика и логика, общая теория деятельности и логика и методология системно-структурных исследований и разработок, философия науки и техники, проектирования и организации, психология и социология, языкознание и семиотика — везде он оставил свой оригинальный след.
Все без исключения труды Щедровицкого (как опубликованные, так и остающиеся в архивах) тематически и методически лежат в русле работ ММК. При жизни им было опубликовано лишь его две брошюры, две коллективных монографии с его участием и порядка полутора сотен отдельных статей, написанных им в одиночку или в соавторстве (см. список прижизненных изданий ниже).
В регламент семинаров ММК (по крайней мере, с 1957 года) входили правило отсутствия «собственности на идеи» и ориентация на фиксацию результатов в форме коллективных монографий.
Коллективные монографии, действительно, готовились, однако советский философский и научный «истеблишмент» не склонен был пропускать их в печать. Так, был арестован тираж сборника «Проблемы исследования систем и структур» (1965), рассыпан набор монографии «Педагогика и логика» (1968); монография «Разработка и внедрение автоматизированных систем в проектировании» (1975) вышла в отраслевом издательстве небольшим тиражом и повлекла репрессии против издателей. Не удалось Щедровицкому опубликовать и свою раннюю объёмную книгу, содержащую расширенный вариант кандидатской диссертации (её частичная реконструкция увидела свет лишь посмертно под названием «О методе исследования мышления»).
После отхода от дел и последовавшей смерти Щедровицкого его бумаги оказались рассредоточены, по крайней мере, по двум местам — у вдовы и у сына. Также не вполне проясненной остается вопрос отделения личного рабочего архива Щедровицкого от архива («библиотеки») ММК.
Хотя многие труды Щедровицкого касались вопросов психологии, в современной российской психологии его идеи остаются маргинальными, его имя цитируется редко. Школа психологов-последователей Щедровицкого существует в Минском педагогическом университете. С другой стороны, идеи Щедровицкого имеют много сторонников в отечественной педагогике.
Тем не менее, в течение 1995—2007 годов удалось подготовить и опубликовать около двадцати книг, отчасти содержащих прижизненные публикации, но в основном (особенно это относится к серии «Из архива…») представляющие читателю ранее неизвестные широкому кругу тексты, а также стенограммы докладов, лекций и выступлений Щедровицкого. Большая часть этих книг подготовлена коллективом, включавшим брата покойного мыслителя — Л. П. Щедровицкого, и его вдову Г. А. Давыдову, учредивших в 2004 году издательство «Наследие ММК».
Соавторами ряда публикаций Щедровицкого в разные годы были (в хронологическом порядке): Н. Г. Алексеев, И. С. Ладенко, В. А. Костеловский, А. А. Уварова, С. Г. Якобсон, В. Н. Садовский, Э. Г. Юдин, В. А. Лефевр, Р. Г. Надежина, В. Я. Дубровский, В. М. Розин, Н. И. Кузнецова, П. Г. Щедровицкий (мл.), С. Б. Поливанова, С. И. Котельников, М. Т. Ойзерман, М. В. Рац, Е. Я. Наградова, Л. Н. Карнозова, О. И. Генисаретский, М. В. Федоров, В. Л. Глазычев, И. Б. Даунис, Е. Л. Зенкевич, Л. В. Марц, А. С. Москаева, Н. С. Пантина, Л. Б. Переверзев и В. Ф. Сидоренко.
Соавторами одной из депонированных работ Щедровицкого были Д. А. Аросьев и В. И. Астахов.
Одна работа опубликована Щедровицким под псевдонимом «Г. П. Давыдов».