Герберт Шильд родился 23 ноября 1938 в Мюнхене как внебрачный сын. В 1960 г. был усыновлен родным отцом, с тех пор носит имя Ахтернбуш. С 5 лет живёт у бабушки в Брайтенбахе в Баварском лесу, посещает там народную школу и гимназию, которую заканчивает в 1960 г. В течение нескольких семестров изучает искусство в Нюрнберге и Мюнхене и начинает заниматься живописью, скульптурой, пробует себя в литературе, финансируя всё это за счёт случайных заработков. В 1962 г. женится на Герде, преподавательнице искусства, у них четверо детей. В 1964 г. выходит первое издание его стихов. С 1969 г. его книги выходят в престижном издательстве «Зуркамп».
В начале 70-х гг. снимает первые короткометражные фильмы. В 1973 г. знакомится с Вернером Херцогом (для которого пишет сценарий фильма «Сердце из стекла»), Фолькером Шлендорфом и Маргаретой фон Троттой, снимается в их фильмах. В 1974 г. под влиянием этих знакомств пишет сценарий своего первого фильма «Андехское чувство». Его продюсером выступает Шлендорф, Маргарета фон Тротта исполняет главную, а сам Ахтернбуш, как и во всех последующих фильмах, центральную роль.
С тех пор регулярно снимает фильмы в качестве сценариста, режиссёра, главного исполнителя, продюсера, а иногда и прокатчика. По содержанию и стилю они опираются на его оригинальную прозу и — наряду со статьями о других режиссёрах, таких как Куросава, Валентин, Фасбиндер и Херцог — являются важной составляющей его разнообразного творчества. Ахтернбуш работает с относительно постоянной группой друзей-исполнителей, со своей женой Гердой и дочерьми, а также такими профессионалами, как кинооператор Йорг Шмидт-Райтвайн.
Темы его фильмов коренятся в любви и ненависти к характерным особенностям баварской родины («пивной сад», вера в авторитеты, клерикализм), в его биографии (привязанность к матери) и в его личных наваждениях. Нарушение табу приносит ему известность за пределами круга его поклонников: телевидение вырезает «непристойные» сцены; в 1981 г. контрольный совет Баварского радио и телевидения протестует против показа фильма «Привет, Бавария», в 1983 г. отказ федерального министра внутренних дел Фридриха Циммермана выделить ему уже утверждённую субсидию на фильм «Призрак» превращается в государственную аферу, которую рассматривают как попытку изменить культурно-политическую ситуацию в Западной Германии.