В 1943 году — председатель немецкой комиссии по расследованию Катынского расстрела. Впоследствии был убит немцами . По другой версии погиб в июне 1944 при эвакуации Минска под бомбежкой ; о причине его смерти существуют различные мнения.
О начале деятельности комиссии Бутц писал следующее:
В середине апреля к комиссии присоединились польские эксперты во главе с профессором Водзинским, связанным с польском Сопротивлением («Техническая комиссия Польского Красного Креста)».
Комиссия Бутца проводила работы в Катынском лесу до 3 июня 1943 года.
Как отмечается в итоговом отчете Бутца, комиссия эксгумировала 4143 трупа, из которых идентифицировала 2815 (67,9 %), включая 2 бригадных генералов, 2250 офицеров разных званий, 156 врачей и ветеринаров, 406 неустановленных чинов, прапорщиков и рядовых, одного военного священника. Все они были убиты выстрелом в затылок, произведенным в упор, из пистолета калибра 7,65. Согласно выводам комиссии, у значительного числа жертв руки были связаны за спиной, при чем можно было считать, что «ряд приемов определенно указывает на стремление доставить жертве лишние мучения». В ряде случаев были констатированы ранения четырехгранным советским штыком, которым, как полагала комиссия, жертв подгоняли к месту казни. Обнаруженный во многих случаях перелом нижней челюсти (кулаком или прикладом винтовки) доказывал, с точки зрения комиссии, истязания жертв. Далее комиссия констатировала:
Данные выводы и свидетельские показания опровергались советской стороной (комиссия Бурденко). Опровержения были напечатаны в газете «Правда» от 26 января 1944 года. Выводы комиссии Бурденко в основном повторяли (иногда дословно) материалы предшествовавшей ей комиссии НКВД-НКГБ (были опубликованы в Военно-историческом журнале в ноябре 1990 года.) До начала эпохи гласности немецкие обвинения советской стороной не обсуждались и считались геббельсовской фальшивкой. Заявлением ТАСС от 13 апреля 1990 г. СССР официально признал свою ответственность за расстрел в Катыни. Тогда же Главная Военная Прокуратура СССР возбудила расследование, законченное в 2004 г. и однозначно признавшее виновником расстрелов НКВД. Подробнее см.: Катынский расстрел
Профессор Виленского университета и наиболее авторитетный в Польше специалист по судебной медицине доктор Сингалевич следующим образом характеризовал Бутца (в передаче Юзефа Мацкевича):