В 1995 году Гильермо в составе молодёжной (U-23) сборной Аргентины выиграл футбольный турнир Панамериканских игр, команда прошла турнир без поражений, а в финале победила мексиканцев по пенальти.
В сентябре 1997 года Гильермо перешёл из «Химнасии» в стан одной из лучших команд Аргентины и всей Южной Америки — «Боки Хуниорс», за которую он отыграет десять сезонов, станет любимцем болельщиков, проведёт 302 матча и забьёт 87 голов во всех турнирах. В том же году в клуб пришли его брат Густаво и будущий партнёр по атаке Мартин Палермо, все три игрока были приобретены по рекомендации Диего Марадоны, живой легенды «Боки», который доигрывал тогда свои последние дни (Диего завершил игровую карьеру в конце октября 1997 г.). 14 сентября 1997 Гильермо дебютировал в основном составе в победном (2:1) матче против «Ньюэллс Олд Бойз». Гильермо довольно быстро закрепился в основном составе и вскоре стал одним из лидеров команды.
Последующие десять лет, проведённые Барросом Скелотто в «Боке», были богаты различными турнирными успехами и блестящей игрой. Сначала успех пришёл к «Боке» на внутриаргентинском уровне в виде побед в Апертуре-1998 и Клаусуре-1999. Затем, в 2000 году, команда, провалив Клаусуру (7-е место), выиграла затем Кубок Либертадорес, Межконтинентальный кубок и Апертуру, сделав своеобразный хет-трик. В 2001 году «Бока» выиграла второй подряд Кубок Либертадорес. Гильермо играл на позициях и вингера, и плеймейкера, и оттянутого форварда, в последнем случае составляя отличный атакующий дуэт с Мартином Палермо. Гильермо много забивал, а голевых передач раздавал ещё больше. В 2003 году «хет-трик» трёхлетней давности был повторён. В следующие три года (2004—2006) были выиграны два Южноамериканских кубка, две Рекопы, по одной Апертуре и Клаусуре.
Карьера в сборной Аргентины у Гильермо сложилась не слишком удачно. В 1998—2002 гг. он провёл за неё 10 матчей, голов не забивал. Участвовал в Копа Америка 1999 года, провёл все три игры на групповом этапе, во всех трёх его меняли под конец матча, а в 1/4 финала, где аргентинцы проиграли бразильцам 1:2 и вылетели, он не участвовал. Каких-либо трофеев на уровне взрослых национальных сборных Гильермо не выигрывал.
К середине 2000-х годов Гильермо постепенно сдавал позиции — годы брали своё. В 2007 году, когда его контракт с «Бокой» истекал, он решил сменить клуб и перейти туда, где мог бы иметь побольше игровой практики. 19 апреля 2007 г. Баррос Скелотто объявил о подписании контракта с американским клубом «Коламбус Крю», выступающим в лиге MLS. Когда Гильермо покидал «Боку», в Кубке Либертадорес подходил к концу групповой этап, так что победа в июне над «Гремио» в финале была одержана его товарищами уже без него, тем не менее он, как заявленный на турнир, также считается обладателем Кубка Либертадорес-2007, ставшего, таким образом, его последним трофеем в составе «Боки».
5 мая 2007 г. Гильермо дебютировал за «Коламбус Крю» в MLS, выйдя на замену в гостевом матче против «Канзас-Сити Уизардс», проигранном «Крю» 0:1. Опытный мастер быстро стал лидером своей новой команды и любимцем её болельщиков. Команда «Крю» провела сезон-2007 не слишком хорошо, не попав в плей-офф (6-е из 7 команд Восточной Конференции и 9-е из 13-ти во всей лиге).
Сезон 2008 года оказался намного более удачным: команда уверенно выиграла как регулярный чемпионат MLS, так и плей-офф. 23 ноября 2008 г. в финале плей-офф «Коламбус» обыграл «Ред Булл Нью-Йорк» со счётом 3:1, все три мяча победителей были забиты с передач Барроса Скелотто, лидера и плеймейкера «Крю». Гильермо, проведший, несмотря на возраст, один из лучших сезонов в своей карьере, был признан самым полезным игроком (MVP) как финала, так и всего сезона в MLS.
14 января 2011 года представлен в качестве игрока клуба «Химнасия и Эсгрима».
Жену Гильермо зовут Матильда, у них есть три сына — Максимо, Николас и Сантьяго.