Родился 5 (17) января 1813(18130117) в Каменец-Подольске в семье протоиерея. Образование получил в Подольских духовных училищах (1821 — 1827) и семинарии (1827—1833) и Киевской духовной академии (1833—1837), где на него наибольшее влияние имели лекции Скворцова по философии и Иннокентия Борисова по догматическому богословию, а также бакалавров Карпова, Новицкого и Михневича. Латинский язык он изучил основательно еще в семинарии.
Окончив академию по 1-му разряду, был определен 1 сентября 1837 г. на службу в академию же учителем польского языка, а 15 декабря того же года, по утверждении в степени магистра богословия, полученной за диссертацию «Критическое обозрение учения римской церкви о видимой главе церкви», переименован в бакалавра академии. В 1839 г. 2 апреля ему поручено было еще преподавание немецкого языка, 2 октября он был определен действительным бакалавром немецкого языка, с увольнением от преподавания польского языка, и 15 декабря утвержден в чине коллежского асессора. В 1842 г. уволен 9 (21) апреля из духовного звания и 5 октября перемещен бакалавром философских наук с оставлением за ним временно и преподавания немецкого языка (до 1 февраля 1844 г.).
Задумав перейти в университет (еще в начале 40-х годов он подал заявление о желании читать там лекции по эстетике), Г. должен был держать дополнительное испытание по политической экономии, статистике и славянским наречиям для получения степени кандидата 1-го отделения философского факультета (признан в этой степени 29 сентября 1845 г.) и экзамены магистерский и докторский (не только по философии, но и по классической филологии), чего раньше обыкновенно не требовали от профессоров, переходивших из академии в университет (по словам проф. Боброва, Гогоцкому оказывала противодействие немецкая партия). Получив степень магистра философии по защите диссертации «О характере философии средних веков» (утвержден 31 дек. 1847 г.), Г. был в 1848 г. утвержден доцентом при университете св. Владимира для чтения истории новой философии и нравоучительной философии (12 февраля); 16 марта того же года он был утвержден в академии экстраординарным профессором по классу философских наук, с правом присутствовать в академической конференции.
В 1850 г. Г., в чине статского советника (с 23 августа того же года), утвержден ординарным профессором духовной академии (16/28 октября) и получил по защите в университете диссертации «Диалектическая система Гегеля, ее достоинства и недостатки» степень доктора философии и древней филологии (утвержден 20 декабря). Вследствие упразднения в университете кафедры философии, Г. перешел 16 января 1851 г. на службу в Киевский цензурный комитет, но в том же году покинул должность цензора, а также службу в академии, будучи избран в университете ординарным профессором по кафедре педагогики (утвержден 6 апреля). С 29 июля по 29 октября 1861 г. был в заграничной командировке и большую часть времени провел в Берлине, Дрездене, Кракове и Львове, причем во всех этих городах знакомился с преподаванием в университетах и средних учебных заведениях, мужских и женских (между прочим, он вошел тогда в сношения с берлинскими учеными профессором философии Мишле (de:Karl Ludwig Michelet) и педагогом Дистервегом и со многими галицко-русскими учеными и литераторами). С июня 1862 г. по 4 октября 1863 г. Г состоял деканом историко-филологического факультета и оставил эту должность до окончания срока. По истечении 1 сентября 1862 г. 25-летия его службы он был оставлен на 5-летие.
23 дек. 1866 г. Г. был произведен в действительные стат. советники, а 27 ноября 18б7 г. уволен от службы при университете за выслугою срока. Через год с небольшим он вновь вернулся в университет будучи назначен 16 янв. 1869 г. ординарным профессором на кафедре философии. 12 февраля 1871 г. утвержден, согласно избранию Совета университета, членом попечительского совета по педагогике, 24 июля 1874 г. назначен на 5-летие сверхштатным ординарным профессором (в 1879 г. оставлен еще на 5-летие) и в 1877 г. получил звание заслуженного профессора. В университете он читал педагогику, логику и историю философии, а в 1877—1878 гг. временно латинский язык. Кроме того преподавал педагогику в женском училище графини Левашевой (с 13 ноября 1854 г. по 6 сентября 1860 г.) и историю в кадетском корпусе (с 1 сентября 1857 г. по декабрь 1861 г.), читал в 1866 г. педагогику в духовной семинарии и в 1876 г. частный курс психологии для воспитателей военной гимназии. В 1877 г. по смерти проф. Селина, он принял на себя устройство Высших женских курсов, читал на них педагогику и психологию и с 1878 по 1880 г. состоял председателем педагогического совета. В 1886 г. тяжкая хроническая болезнь глаз заставила его прекратить чтение лекций.
1 сентября 1887 г. исполнилось 50-летие ученой деятельности Г., и по этому поводу Киевская духовная академия избрала его в заседании 20 июля почетным членом.
В течение своей служ¬бы Г. был награжден орденами св. Станислава 1 ст. (1879) и 2 ст. (1856), св. Анны 1 ст. (14 мая 1883 г.) и 2 ст. (1859) и св. Владимира 3 ст. (1872).
Был женат на Евдокии Ивановне Ходуновой , общественной деятельнице.
Умер Гогоцкий от паралича сердца 29 июня 1889 г. в с. Некрашах Киевского уезда и погребен в Выдубицком монастыре.
Влияние немецкой философской классики сказывается как в философских, так и в богословских трудах Гогоцкого. Он стал автором первой российской философской энциклопедии, 4-х томного Философского лексикона. По мнению Гогоцкого, философия Гегеля в систематический форме выражает то движение, которым новые времена отличаются от направления средних веков. Задача нового времени — выработать разумный простор личности, развить внутреннюю жизнь в гармонии с внешнею. Это стремление Гегель и довел до крайности в своей системе. Философия — это сама мысль, сама деятельность мысли и познания, получающая для себя содержание от соприкосновения с противостоящим ей миром как предметом или действительностью, определяемою сознающим началом; она стремится к познанию безусловного начала вещей, их внутренней связи и отношения их к этому началу. Как высшему проявлению сознательной жизни, философии свойственно развитие, которым и объясняется разнообразие ее изменений. — Педагогика систематически рассматривает средства и способы, содействующие возможно лучшему развитию всех сил человека и приготовляющие его к самодеятельности и самообразованию. — Г. не был чужд и злобы дня: по разным общественным вопросам (напр. об украинофильстве) им помещено несколько заметок в периодических изданиях.
«Русский язык – наш язык; а потому мы учимся и учим на нем, как на своем языке» - говорил Гогоцкий:
это наш язык, выраставший вместе с нами, вместе с историческою нашею жизнью и ее развитием, язык вырабатывавшийся общими и долговременными трудами деятелей Великой и Малой (преимущественно – юго-западной) России.
— Гогоцкий С.С. Украйнофильство с его затеями о двухтекстовых учебниках. Почаев, 1881.