Гуммель родился 14 ноября 1778 года в Пресбурге (ныне Братислава). Уже в три года у будущего композитора обнаружились музыкальные способности, а в пять в подарок от отца он получил свое первое маленькое фортепиано, которое хранил до самой смерти.
В 1786—1788 годах Гуммель — ученик В.А.Моцарта.
С 1793 по 1816 год живет в Вене. Берет уроки контрапункта у Иоганна Георга Альбрехтсбергера — одного из учителей Бетховена, занимается пением у Антонио Сальери.
С 1795 года Иоганн Непомук стал учеником Йозефа Гайдна, который познакомил юношу с органом, а позже посвятил ему ля бемольную сонату, которую Гуммель с блеском исполнял.
В 1820 году давал уроки игры на фортепьяно Юлиусу Бенедикту, которому королева Виктория, за его талант, позднее пожалует дворянский титул.
Незадолго до смерти занимался переложением струнных квартетов Бетховена для фортепиано, но замысел так и не был окончен. Дружил с Бетховеном и Шубертом, Шуберт посвятил ему ряд сочинений. Среди учеников Гуммеля - Феликс Мендельсон.
Музыка И.Н.Гуммеля являет собой переход от классицизма к романтизму. Лучшая часть его наследия — фортепианная музыка, отличительными чертами которой являются виртуозность, сентиментально-романтический характер и изящество мелодики. Одна из его фортепианных пьес ноктюрн "Память дружбы" в 1854 году была оркестрована русским композитором М. И. Глинкой.
Всего 125 музыкальных произведений.