В 2002 году Кауфманн был обвинен в убийстве по делу о смерти в 2001 году Хармута Хагена, шестидесятилетнего бухгалтера, у которого Кауфман вымогал деньги. Несмотря на то, что позднее смерть была признана случайностью, Кауфманн был приговорен к тюрьме за менее тяжкие преступления, по этому же делу. В 2005 году новое полицейское расследование выявило, что Кауфманн был невиновен, и сознался в преступлениях, чтобы отвести подозрения от своей жены. Вскоре Кауфманн был освобожден из тюрьмы и продолжил свою актёрскую карьеру.
Гюнтер Кауфман родился в Хазенбергле, районе Мюнхена. Его мать была немкой, а отец афроамериканским солдатом, который остался в Германии, после окончания Второй мировой войны.
Не актёр по образованию, Кауфманн был замечен Райнером Вернером Фасбиндером. Его первым актёрским опытом в кино стала, в 1970 году, эпизодическая роль, в телевизионном спектакле, поставленном Фолкером Шлендорфом, по пьесе Бертольта Брехта «Ваал» (англ. Baal). Фасбиндер играл заглавную роль. В тот же год Фасбиндер утвердил Кауфмана на роль «Гюнтера» в своем фильме «Боги чумы».
Несмотря на то, что Кауфманн был женат, когда встретил Фасбиндера, у них завязался роман. О Кауфманне часто говорят, как о первой серьёзной влюбленности Фасбиндера в течение его карьеры режиссёра. Как и многие отношения Фасбиндера, эти отношения были тяжелыми, и режиссёр часто пытался купить внимание Кауфманна дорогими подарками, успешнее всего машинами. Во время их отношений Фасбиндер женился на Ингрид Кавен, актрисе, которая как и Кауфман, регулярно появлялась в фильмах режиссёра, и входила в тесный круг его друзей.
К 1971 году Фасбиндер и Кауфман расстались, и у режиссёра начались ещё более проблемные отношения с иммигрантом из Марокко, Эль Хеди Бен Салемом Бареком Мохаммедом Мустафой. Фасбиндер и Кауфманн продолжали работать вместе, и он появлялся во многих наиболее известных фильмах режиссёра, также иногда участвовал в создание песен для саундтреков к фильмам. В последнем фильме Фасбиндера Керель, Кауфманн сыграл роль хозяина борделя Ноно.
После того, как Фасбиндер умер от передозировки наркотиками в 1982 году, Кауфман играл эпизодические роли в фильмах. В 1986 году он женился на своей третьей жене, Александре Кауфманн, с которой он останется до её смерти от рака, в 2001 году.
В девяностых годах он начинает чаще выступать, появляясь в ролях временных персонажей во многих телевизионных шоу. Тем не менее к двухтысячным годам его актёрские работы начали сокращаться. Состояние его жены, больной раком ухудшалось, именно из-за того, что приходилось платить за лечение, Кауфманн решается на вымогательство денег у их бухгалтера, Хармута Хагена, приблизительно $500,000.
В 2001 году бухгалтер Хармут Хаген был найден мертвым, предположительно задушенным. Из-за истории с вымогательством Кауфманна обвинили в убийстве. В 2002 году, смерть была признана случайностью, после того, как Кауфманн, на момент происшествия весивший около 118 кг., сознался, что упал на хрупкого Хагена во время драки. Вместо обвинения в убийстве он был приговорен к пятнадцати годам тюрьмы за вымогательство и ограбление. В 2005 году полициейское расследование выявило, что Кауфманн не был участником этих преступлений, но признался в них, чтобы отвести подозрения от своей жены. Расследование также выявило, что Хаген на самом деле был убит, но тремя мужчинами, которых наняла жена Кауфманна, без его ведома.
Кауфман был освобожден из тюрьмы в 2005 году. Вскоре он возобновил актёрскую деятельность. Гюнтер Кауфман продолжает сниматься во второстепенных ролях в фильмах и на телевидении.