Учился в Кёльне и Мюнхене, изучая композицию у Филиппа Ярнаха и фортепиано у Пауля Баумгартнера. В 1939 стал первым капельмейстером в Кёльнской опере. Кёльну дирижёр посвятил 35 лет жизни. С 1945 до 1975 он возглавлял Гюрцених-оркестр в Кёльне, в 1946 был избран кёльнским генеральмузикдиректором. В это время он уделял большое внимание музыке современных композиторов — Оливье Мессиана, Эдгара Вареза, Дьёрдя Лигети, Бернда Алоиса Циммермана и др.
Отдавая много сил и времени Гюрцених-оркестру, Ванд тем не менее достаточно много гастролировал и выступал с разными оркестрами, среди которых Оркестр Парижской консерватории, Лондонский симфонический, Пражский симфонический, Национальный оркестр в Мадриде, Мюнхенский филармонический, Берлинский филармонический оркестр. В 1959 г. Ванд стал первым западногерманским дирижёром, приглашённым после Второй мировой войны в СССР.
В 1974 г. Гюнтер Ванд записал с оркестром Кёльнского радио Пятую симфонию Брукнера. Эта запись привлекла к себе большое внимание и получила очень высокую оценку, став первой в комплекте записей всех девяти симфоний Брукнера, осуществлённых дирижёром. В 1982—1991 гг. он руководил Симфоническим оркестром Северогерманского радио и в 1987 г. был назван почётным дирижёром этого коллектива. В 1989 г. дебютировал в США с Чикагским симфоническим оркестром.
На позднем этапе своей карьеры Ванд сократил свой репертуар и посвятил себя преимущественно Брукнеру, Бетховену, Брамсу и Шуберту. Его интерпретации отличались строгостью и верностью партитуре.