Нагаока родился 15 августа 1865 года в городе Омура (префектура Нагасаки). Окончил Токийский университет в 1887 году, после чего продолжил в нём работать. Занялся изучением эффекта магнитострикции, посещал британского физика К. Нотта (), получил приглашение на Первый Международный Конгресс физиков, состоявшийся в Париже в 1900 году по инициативе семьи Кюри.
В период с 1892 по 1896 годы Нагаока изучал науки в Вене, Берлине, Мюнхене, где на него произвело большое впечатление знакомство с молекулярно-кинетической теорией Больцмана и работами Максвелла, посвящёнными устойчивости колец Сатурна: две составляюшие, ставшие затем основой его собственной атомной модели.
В 1901—1925 годах Нагаока — профессор физики Токийского университета, среди его учеников Котаро Хонда () и будущий нобелевский лауреат Хидэки Юкава.
К 1904 году Нагаока разработал раннюю, ошибочную «планетарную модель» атома («атом типа Сатурна»). Модель была построена на аналогии с расчётами устойчивости колец Сатурна (кольца уравновешены из-за очень большой массы планеты). Модель Нагаоки была неверна, но два следствия из нее оказались пророческими:
Научная общественность не обратила внимание на эту работу Нагаоки, однако в дальнейшем, оба эти положения были успешно подтверждены Резерфордом и его последователями. Тем не менее, в остальном модель была неудовлетворительной, и Нагаока отказался от неё в 1908 году.
Затем в сфере его научных интересов оказалась спектроскопия и другие области физики. В марте 1924 года он описал способ, который позволял, по его мнению, получить миллиграмм золота и некоторое количество платины из ртути. С 1930 года Хантаро Нагаока — иностранный почётный член Академии наук СССР. С мая 1931 по июнь 1934 года он возглавлял Осакский университет За свои научные заслуги в 1937 году Нагаока был награждён японским правительством Орденом Культуры.
В честь Хантаро Нагаоки назван один из кратеров на Луне.