Впоследствии принимал участие в войнах с Францией, Англией, Португалией. В период оккупации Испании войсками Наполеона (1808—1812 годы) Хосе де Сан-Мартин командовал одним из партизанских отрядов на юге страны и проявил себя как блестящий военачальник, отличающийся личным мужеством.
В 1814 Сан-Мартин стал командующим Северной армии аргентинских патриотов, боровшихся против испанской колонизации. В 1816 после провозглашения независимости Объединённых провинций Ла-Платы (с 1826 носят название Аргентина) стал главнокомандующим Андской армией и совершил переход через Анды в Чили. Способствовал обретению Чили независимости, разбив войска испанцев в битвах при Чакабуко в феврале 1817 и Майпу в апреле 1818. В 1820—1821 совершил поход в Перу, изгнал оттуда испанцев и провозгласил независимость Перу, возглавил первое правительство Перу.
Существует две точки зрения относительно связи Сан-Мартина с масонами. Споры по этому вопросу не утихают на протяжении многих лет.
Некоторые историки, являющиеся сторонниками церковного взгляда, отрицают вероятность того, что Сан-Мартина был членом реальных масонских лож, в то же время, их оппоненты утверждают обратное. В качестве аргументов, первые заявляют, что ложи, с которыми генерал имел дело на протяжении долгого периода времени, не являлись сугубо масонскими, а представляли собой группы состоящие из борцов за независимость, которые адаптировали некоторые элементы масонства и их символы.
С другой стороны, историк Эмилио Корбьер, утверждает, что Сан-Мартин был масоном пятой степени.