Родился в 1932 году в Москве в семье неверующих. Его родной брат — игумен Анатолий (Берестов), известный детский невропатолог, доктор медицинских наук, профессор, руководитель реабилитационного центра при Крутицком подворье.
После окончания школы пришёл к вере, побывал в Троице-Сергиевой лавре, где повстречался с одной монахиней, которая 25 лет просидела в сталинских лагерях, стала там инвалидом и передвигалась на костылях. Окружающие говорили, что она прозорливица и человек великой духовной жизни. На просьбу помолиться за родственников монахиня сказала: «А, Рафаильчик, это ты!» — «Я не Рафаил, я Михаил!» — «Да, да, я знаю, что ты Рафаил. Я знаю, что твой отец Иоанн под конец жизни станет верующим, как и твоя мама, Анна. А вот — радуйся — твой брат Анатолий скоро станет очень верующим! А вот за брата Николая надо молиться». Так она назвала всех родственников точно по имени, предсказав грядущие события. Так оно и случилось. Третий брат Николай — единственный человек в их семье, который к вере в Бога не пришёл.
В 1954 году Михаил поступил в братство Свято-Троице-Сергиевой Лавры, где являлся одим из сомысленников архимандрита Кирилла (Павлова). В период советской власти являлся активным церковным диссидентом, выступая против экуменизма, латинофильства, масонства, модернизма, сотрудничества руководства Московской Патриархии с КГБ в связи с чем несколько раз подвергался дисциплинарным взысканиям со стороны администрацией Лавры и в середине 1970-х получил благословение переселится в один из уединённых абхазских скитов.
В период проживания в горах Абхазии проходил монашеское делание под руководством старца Виталия Тбилисского, был знаком с монахом Меркурием, автором широко известной книги «В горах Кавказа» (не путать с дореволюционной «имябожнической» книгой схимонаха Илариона (Домрачева) «На горах Кавказа»).
Ещё будучи в Лавре способствовал распространению первых переводов сочинений иеромонаха Серафима (Роуза), а в горах Абхазии, уже после кончины отца Серафима, отец Рафаил назвал свой скит в его честь.
В начале 1990-х, с началом грузино-абхазской войны отец Рафаил переселился в Валаамский монастырь, где возрождал традицию духовничества. Некоторое время являлся начальником Солохаульского подворья Валаамского монастыря.
31 декабря 2000 года выехал на Святую Гору Афон, где в течение трёх лет подвизался сначала в заброшенном скиту Фиваида, принадлежащем Пантелеимонову монастырю, а позднее в Келлии Святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова.
После изгнания с Афона в 2003 году вернулся в Россию, где обосновался на подворье Валаамского монастыря в поселке Ермоловка, в горах, на границе России и Абхазии. Позднее проживал в селе Цабал (Цебельда) в Абхазии.
Дорогие, поймите! Позиция противников ИНН - это апология Священного Писания, защита овец Божьих от погибели и спасение народа Божия. А позиция защитников ИНН - соблазн принятия печати антихриста грядущего, погибель души, мучения ада и гнев Божий на отступников. Чтобы не было разделения и раскола, надо отказаться от ИНН, чтобы не погибнуть. Оставаться верными Богу и Церкви его.
В связи антиглобалистским Обращением епископа Диомида (Дзюбана) поддержал последнего, назвав «апостолом последних времён»., однако впоследствии, выступил против опального епископа, осуждая его за несмирение и распространение раскольнических настроений в РПЦ.
В августе месяце посетил Молдову, чтобы поддержать клириков и мирян, выстапающих против экуменизма.
«Церковь — не Патриарх, не митрополит и не епископ. Они слушаются масонов. Из них немало завербованных от Моссада или ЦРУ и других еврейских организаций. Это все силы зла, они пытаются разрушить нашу Церковь.»
4 сентября 2010 года принял участие во встрече официальной делегации Молдовской митрополии Московского патриархата председателем Синодальной комиссии Русской православной церкви по делам монастырей архиепископом Сергиево-Посадским Феогностом (Гузиковым), викарием Патриарха Кирилла. Архиепископ Феогност обвинил о. Рафаила и большинство участников беседы в "расколе".
Я всегда говорил и говорю, что нам необходимо быть в лоне Церкви и бороться за чистоту Православия внутри, а не отделяться от Церкви. Мы не за раздробление, не за расколы, мы – за церковное единство в чистоте Веры.