Фробергер родился в 1616 г. в Штутгарте и, скорее всего, получил первое музыкальное образование у отца. В 1634 г. он переехал в Вену, где в 1637 г. стал придворным органистом. В том же году он уехал в Рим, где учился у Джироламо Фрескобальди. В 1641 г. Фробергер вернулся в Вену, где оставался до 1657 г., периодически покидая город по дипломатическим поручениям Фердинанда III: он посетил Брюссель, Дрезден, Антверпен, Лондон и Париж, где он прожил 3 года (1650—1653) и изучал французскую музыку. В 1652 г. Фробергер встретился с французским композитором Луи Купереном. После смерти Фердинанда Фробергер переехал в Эльзас, где преподавал музыку. Он умер в Монбельяре в 1667 г.
Фробергер сочинил множество озаглавленных и программных произведений, в том числе произведения на смерть лютниста Бланроше и императора Фердинанда III. (В этих произведениях он представил падение Бланроше с лестницы, приведшее к его гибели, нисходящей гаммой, а вознесение души Фердинанда в рай — восходящей.) До наших дней дошли около 35 сюит (именно в творчестве Фробергера сформировался жанр 4-частной сюиты), обычно исполняемых на клавикорде. Фробергер сочинял и произведения, которые с равным успехом можно играть на струнных клавишных инструментах и на органе. Он писал в различных распространённых полифонических жанрах своего времени, таких как токкаты, каприччо, канцоны и ричеркары. Сохранилось два мотета Фробергера для вокально-инструментального ансамбля. Творчество Фробергера оказало огромное влияние на Дитриха Букстехуде, Георга Бёма, Иоганна Пахельбеля и, в известной степени, И. С. Баха.