В 1771 году встал во главе экспедиции, открывшей 13 февраля 1772 года острова Кергленовой Земли (ныне — остров Кергелен). После 2-й экспедиции, предпринятой Кергленом в 1773 году, он был обвинён в том, что часть своего экипажа намеренно оставил на негостеприимном острове, и был заточён, несмотря на предъявление им доказательств, что эта часть экипажа была спасена. Позже он предпринял ещё ряд путешествий по морю со своими сыновьями. Во время войны за освобождение Соединенных Штатов, Кергелен вооружил корсар, и в короткое время захватил 7 английских судов. Вскоре за тем Кергелен был захвачен и арестован англичанами во время кругосветного путешествия с научной целью на 10-пушечном корвете Liber-Navigator, несмотря на полученный от английского адмиралтейства паспорт на свободное плавание. Во время революции Кергелена назначили директором департамента министерства и произвели в контр-адмиралы. В 1794 году уволен в отставку. Кроме ряда морских карт, Керглен издал: «Relation d’un voyage dans la mer du nord» (П., 1771); «Relation de deux voyages dans les mers Australes et les Indes» (П., 1782); «Relation des combats et des ?v?nements de la guerre maritime de 1778 entre la France et l’Angleterre» (П., 1796).