Родился 22 июля 1966 года в Тарусском районе Тульской области, в доме отдыха «Поленово», где в то время работал главным врачом его отец. Отец — Иван Иванович Охлобыстин (1906—1994), военный врач, участник Великой Отечественной войны. Мать — Альбина Ивановна Беляева, 1945 года рождения, инженер-экономист.
В детстве жил под Малоярославцем. Затем семья переехала в г. Москву. После окончания школы поступил во ВГИК. Учился на одном курсе со многими будущими деятелями российского кинематографа: Тиграном Кеосаяном, Бахтияром Худойназаровым, Фёдором Бондарчуком, Александром Башировым, Рашидом Нугмановым и другими. На параллельном курсе на сценарном факультете в то же время учились Рената Литвинова, Роман Качанов и другие. Впоследствии со многими из них Иван продолжил начатые ещё в институте дружбу и сотрудничество.
Не доучившись, был призван в армию. После службы в ракетных войсках в Ростове-на-Дону восстановился в институте, полностью погрузился в общественную работу и был избран секретарём Союза кинематографистов СССР. В 1992 году закончил режиссёрский факультет ВГИКа (мастерская Игоря Таланкина).
Актёрским дебютом Охлобыстина стала картина «Нога» режиссёра Никиты Тягунова — он получил приз за лучшую роль на фестивале «Молодость-91». Первый же сценарий, к фильму «Урод», снятому Романом Качановым, номинировался на престижную премию «Зелёное яблоко, золотой листок». Первая полнометражная режиссёрская работа Охлобыстина — «Арбитр» с саундтреком групп «Пикник» и «Оберманекен» — получила награду «Кинотавр» в категории «Фильмы для избранных».
Одновременно с этим Охлобыстин принимал участие в театральных постановках. 16 февраля 1996 года во МХАТе состоялась премьера спектакля по его пьесе «Злодейка, или Крик дельфина» в постановке Михаила Ефремова. В том же МХАТе был поставлен и второй спектакль Охлобыстина — «Максимилиан-столпник», в 1999 году Качанов экранизировал эту пьесу о новоявленном прорицателе и выпустил под названием «Максимилиан». В конце девяностых делал репортажи для журнала «Столица», но вскоре покинул издание, поскольку, по его словам, оно превратилось в «бордель».
Работа в кино в качестве сценариста продолжилась культовым фильмом «ДМБ» Качанова, где в определённой степени воплотились собственные воспоминания Охлобыстина о службе в армии. В 2001 году по его сценарию тем же режиссёром была снята ещё одна комедия «Даун Хаус», кроме того, он выступил автором сценария в философской драме «Мусорщик» режиссёра Георгия Шенгелии.
О приверженности Охлобыстина к православию общественности стало известно ещё в 1998 году, когда он начал вести религиозную телепередачу «Канон». В начале 2001 года, после выхода «Даун Хауса» с его участием, выяснилось, что Охлобыстин рукоположён в священники архиепископом Ташкентским и Среднеазиатским Владимиром (Икимом) в Ташкентской епархии. Жена не смогла перенести ташкентскую жару, и после семи месяцев служения в конце года семья возвратилась обратно в Москву, где прошла презентация короткометражного фильма о князе Данииле. Тогда же президент Владимир Путин подарил Ивану именные золотые часы «За заслуги перед Отечеством», хотя тот так и не понял за что именно — то ли за серию телефильмов «Жития святых», то ли за репортажи из воюющей Сербии, сделанные для программы «Канон». Позже в интервью он признался, что не носит эти часы, так как они плохие: «Золотые, с камнем, и помимо того, что там ремешок — дрянь просто, они ещё ходят неверно. И сделаны некрасиво».
Иван на время оставил свою профессию и работал только в роли сценариста. В 2005 году опубликована его книга «ХIV принцип», написанная в жанре фантастики.
До 2005 года отец Иоанн служил в храме святителя Николая в Заяицком, расположенном на Раушской набережной Москвы-реки. После — в храме Софии Премудрости Божией на Софийской набережной. Вёл передачу «Стая» на радиостанции «Русская служба новостей», а также колонку в мультимедийном сообществе «Сноб». В 2007 году на основе его фантастического рассказа снят двухсерийный боевик «Параграф 78».
Позже Иван Охлобыстин снова активно занялся кинематографической деятельностью. В фильме «Заговор» режиссёра Станислава Либина исполнил роль Григория Распутина. В 2008 году по его сценарию известный рок-музыкант Гарик Сукачёв снял ностальгический драматичный фильм «Дом Солнца». В 2009 году вышли сразу несколько фильмов с его участием: наиболее известны боевик «Пуля-дура» и историческая драма «Царь», где он сыграл царского шута Вассиана. С 2010 года по настоящее время снимается в комедийном телесериале «Интерны», исполняя в нём главную роль. Сам Охлобыстин объяснил своё возвращение в кино тем, что в семье не хватает денег.
26 ноября 2009 года в новостных лентах появилось сообщение о том, что Охлобыстин попросил Патриарха Московского и всея Руси Кирилла освободить его от служения из-за «внутренних противоречий». 8 февраля 2010 года Кирилл исполнил просьбу, отстранив его от священнослужения, запретил ношение священнических одежд и иерейского креста. Патриарх отметил, что если священник Иоанн Охлобыстин сделает «окончательный и однозначный выбор в пользу пастырского служения», то его временное запрещение в служении может быть снято. 29 ноября в интервью газете «Московский комсомолец» Охлобыстин заявил, что в течение ближайших двух лет намерен вновь вернуться к служению в церкви.
С декабря ведет на «Фейсбуке» блог от имени своего персонажа доктора Быкова из телесериала «Интерны», где перемежает факты собственной биографии с событиями жизни вымышленного героя. В то же время принят на должность креативного директора в компанию «Евросеть».
5 сентября 2011 года на пресс-конференции в «Интерфаксе» заявил о готовности выдвинуть свою кандидатуру на пост Президента РФ в 2012 году, однако вскоре отказался от выдвижения. В середине сентября также появилась информация о том, что он может возглавить партию «Правое дело».
С 21 января 2012 года ведёт программу «Первый класс» на Первом канале.
Дома у Охлобыстина есть мини-коллекция ружей. Состоит в Союзе охотников и рыболовов России, а кроме того — в Международной ассоциации айкидо кёку рэммэй. Увлекается ювелирным делом. Имеет разряд по шахматам.
По политическим убеждениям является монархистом: «Я уверен, что на нашу азиатчину больше ничего не действует. Если нет личностного фактора, всё прекращает работать». Баллотировался в депутаты Госдумы от партии зелёных «Кедр». Позже назвал свое участие в избирательной кампании ошибкой.
10 сентября 2011 года в рамках подготовки к президентским выборам озвучил Доктрину 77.
В некоторых фильмах в титрах указан как Леопольд Роскошный или Иван Чужой, или Иван Лесничий.