Феофан Лебединцев, сын сельского священника, имел еще четырех братьев, также занявшихся наукой. Из них наиболее известен Пётр Лебединцев.
Феофан Гаврилович блестяще окончил Богуславское духовное училище, затем Киевскую духовную семинарию, а из духовной академии вышел в 1851 году со степенью старшего кандидата богословия. Вскоре он получил степень магистра и занял место преподавателя в Воронежской, а после и в Киевской семинарии. Лебединцев придумал журнал «Руководство для сельских пастырей», публиковавший разные исторические и этнографические очерки, и сам стал его редактором.
В 1861 году Лебединцев стал профессором Киевской духовной академии на кафедре истории раскола, а три года спустя начальником Холмской дирекции училищ в Царстве Польском. Только благодаря ему в Холме открылись мужская и женская гимназии, образовались сельские школы. Там сильна была униатская церковь, но Лебединцев смог своими проповедями обратить в православие два больших села на австрийской границе. Он съездил в Галицию, где православные были в меньшинстве, и позже все время заботился об образовании галицийских священников. Он хлопотал о приеме их детей в русские семинарии, помогал деньгами.
Лебединцев был практик не только в духовной жизни. Он задался целью построить почтовый тракт от Холма к Люблину, стал создавать в Холме ученое литературное общество. Но этим планам не дано было осуществиться: его перевели в Радом.
В 1880 году Лебединцев вышел в отставку и поселился в Киеве, где стал издавать журнал «Киевская старина», сделавшийся одним из лучших журналов в России.
Из трудов Лебединцева наиболее известны: «Материалы для истории православия в Западной Украине в XVIII ст.» — эта работа очень актуальна и сейчас, «Братства: исторический обзор братств от первоначального их появления до настоящего времени», «О жизни и трудах Кирилла и Мефодия», «О ярмарках». Едва ли не первый Лебединцев написал о Тарасе Шевченко. Иногда выступал под псевдонимом «Кобзарь — народолюбец с Киевщины».