Леклерк начал свою военную карьеру во время Французской революции, вступив в 1790 года добровольцем во 2-й батальон департамента Верхняя Сена. В течение трех лет выслужился от рядового добровольца до начальника штаба Западной дивизии. Во время осады Тулона (1793) сблизился с Наполеоном. С 19 апреля 1794 года адъютант бригады в Арденнской армии.
В 1797 году женился на сестре Наполеона — Полине Бонапарте. 6 мая 1797 года произведен в бригадные генералы. С 14 ноября 1797 года — начальник Генерального штаба Итальянской армии, с 20 октября 1798 года — Армии Англии. Сопровождал Бонапарта в Египетскую экспедицию, а затем принял активнейшее участие в перевороте 18 брюмера (ноябрь 1799). В 1799 году подавил восстание в Лионе. С 15 марта 1800 года командир 7-й дивизии Рейнской армии. 1 апреля принял командование над 2-й дивизией резервного корпуса Рейнской армии. В 1800 успешно воевал против Австрии, отличился в сражении при Гогенлиндене. С 15 января 1801 года командир сводной дивизии в Лионе.
В 1801 году Наполеон I назначил его командующим экспедицией, целью которой было восстановить контроль Франции над своей колонией Сан-Доминго. Здесь в ходе восстания была принята конституция, объявившая руководителя восстания Туссен-Лувертюра пожизненным президентом. Хотя Туссен-Лувертюр и присягнул на верность французской нации, Наполеон боялся потерять контроль над французской колонией.
Французские войска, состоящие из большого количества военных кораблей и 40 тыс. человек, одержали ряд побед над восставшими. В связи с изменением обстановки, ряд высших офицеров армии восставших, которым Леклерк пообещал сохранить их звания во французской армии, перебежали к нему. Туссен-Лувертюр был вынужден начать переговоры, на которых он пообещал отойти от дел.
Секретные инструкции Наполеона Леклерку предусматривали арест Туссен-Лувертюра. Леклерк арестовал Туссен-Лувертюра во время переговоров и отправил во Францию, где тот и умер, находясь в заключении в замке Фор-де-Жу, в департаменте Ду, в 1803 году. Страх перед Лувертюром в Сан-Доминго был очень высок, а его жёсткое правление создало ему много врагов.
Умело используя амбиции молодых соперников Лувертюра, Леклерк был близок к тому, чтобы разоружить офицеров-креолов. В это время из Гваделупы пришли известия, что посланные туда французские экспедиционные силы восстановили там рабство. Именно это, как считал Лувертюр, было целью французских войск, и именно в этом он пытался убедить своих сторонников.
Рабство было отменено в Сан-Доминго с конца 1793 года. Леклерк публично повторил обещание Наполеона, что «все жители Сан-Доминго являются французами» и навсегда свободны. Перспектива восстановления рабства на Сан-Доминго породила волну возмущения, которая похоронила надежды французов на восстановление контроля. Повстанцы-креолы вновь начали сражаться против французских войск, которые к тому же были ослаблены эпидемией жёлтой лихорадки (которая унесла жизни 25 тысяч солдат Франции). В рапортах Леклерка во Францию говорилось:
Леклерк умер от жёлтой лихорадки в ноябре 1802 года. После его смерти командование принял генерал Рошамбо, чьи жестокие действия привели к тому, что большинство офицеров, предавших Туссен-Лувертюра, вновь примкнуло к восставшим, среди них были Жан-Жак Дессалин, Александр Петион и Анри Кристоф.
18 ноября 1803 года Дессалин окончательно разбил войска Рошамбо. 1 января 1804 года была провозглашена независимость Сан-Доминго, которое отныне стало называться Гаити.