Слухи о «чудесном спасении» и скором возвращении царя стали ходить немедленно после смерти Лжедмитрия I. Основанием тому стал факт, что тело самозванца было жестоко изувечено, а вскоре после выставления на позор, покрылось грязью и нечистотами. Москвичи по сути разделились на два лагеря — те, кто радовался падению самозванца, вспоминали среди прочего его женитьбу на «поганой полячке», и поведение, мало соответствовавшее статусу русского царя. В недрах этой группы рождались слухи о том, что в сапоге убитого был найден крестик, на который «расстрига» кощунственно ступал при каждом шаге, что звери и птицы гнушаются тела, его не принимает земля и отвергает огонь. Подобные воззрения отвечали интересам боярской верхушки, свергшей самозванца, и потому, среди прочего, в угоду приверженцам древнего благолепия, труп Лжедмитрия был вывезен в село Котлы и там сожжён; пеплом бывшего царя выстрелили в сторону Польши, откуда он и явился. В тот же день был дотла сожжен «ад» — потешная крепость, выстроенная самозванцем.
Но приверженцев свергнутого царя в Москве оставалось больше чем достаточно, и среди них немедленно стали ходить рассказы о том, что ему удалось спастись от «лихих бояр». Некий дворянин, взглянув на тело, крикнул, что перед ним не Дмитрий, и, хлестнув коня, немедленно умчался прочь. Вспоминали, что маска не давала рассмотреть лицо, а волосы и ногти у трупа оказались чересчур длинными, при том, что царь коротко постригся незадолго до свадьбы. Уверяли, что вместо царя был убит его двойник, позднее было названо даже имя — Петр Борковский. Конрад Буссов считал, что частично эти слухи распространяли поляки, в частности, бывший царский секретарь Бучинский открыто утверждал, что на теле не нашлось приметного знака под левой грудью, который он, якобы, хорошо рассмотрел, когда мылся с царем в бане.
Через неделю после гибели «расстриги» в Москве ночью появились «подметные грамоты», писаные якобы спасшимся царем. Множество листков было даже прибито к воротам боярских домов, в них «царь Дмитрий» объявлял, что он «ушел от убийства и сам Бог его от изменников спас.»
Конрад Буссов так описывает истоки появления Лжедмитрия II:
Сразу после гибели Лжедмитрия I Михаил Молчанов (один из убийц Фёдора Годунова), бежавший из Москвы в сторону западной границы, начал распространять слухи будто вместо «Дмитрия» был убит другой человек, а сам царь спасся. В появлении нового самозванца были заинтересованы многие общественные силы, как связанные со старым, так и просто недовольные властью Василия Шуйского.
Впервые Лжедмитрий появился в 1607 г. в белорусском местечке Пропойске, где был схвачен как лазутчик. В тюрьме он назвал себя Андреем Андреевичем Нагим, родственником убитого царя Дмитрия, скрывающимся от Шуйского, и просил, чтобы его отослали в Стародуб. Вскоре из Стародуба он стал распускать слухи, что Дмитрий жив и находится там. Когда стали спрашивать, кто же Дмитрий, друзья указали на «Нагого». Тот сначала отпирался, но когда горожане пригрозили ему пытками, назвался Дмитрием и сам.
О происхождении Лжедмитрия II источники расходятся во мнениях. Согласно одним данным, это поповский сын Матвей Веревкин родом из Северской стороны, по другим — сын стародубского стрельца. Некоторые даже утверждали, что он сын князя Курбского. Наиболее распространена версия, что Лжедмитрий II был сыном еврея из города Шклова.
Согласно КЕЭ:
12 июня 1607 года Стародуб присягнул на верность Лжедмитрию. Здесь начала собираться повстанческая армия, в которую стекались как польские мятежники, так и южнорусские дворяне, казаки и остатки разбитого войска Болотникова.
10 сентября повстанческая армия под предводительством пана Меховецкого покинула Стародуб. Первой её остановкой стал Почеп. Целью похода была Тула, где царские войска осадили остатки армии Болотникова. 20 сентября повстанческая армия Лжедмитрия вошла в Брянск. Собрав до 3000 солдат, Лжедмитрий 8 октября разбил под Козельском царские войска воеводы Литвина-Мосальского. Однако падение Тулы 10 октября спутало карты Самозванца и он 17 октября отступил к Карачеву на соединение с запорожцами. 9 ноября армия Самозванца вновь подошла к Брянску, который был занят царскими войсками, и 15 ноября произошел бой между двумя армиями. Взять Брянск повстанцам не удалось.
Январь 1608 года Самозванец встретил в Орле. Военное руководство повстанческой армией перешло от пана Меховецкого к Роману Рожинскому. Появление под его знаменами князей Адама Вишневецкого, Александра Лисовского, Романа Рожинского со своими людьми поддержало самозванца, ставшего, однако, марионеткой в их руках. Большие рати запорожских и донских казаков привел Иван Заруцкий. Общее военное командование войсками повстанцев (которых к концу весны 1608 года было уже 27 тыс.) осуществлял гетман Рожинский. Повстанческая армия двинулась на Москву. В Зарайской битве отряд Александра Лисовского нанес поражение царской армии.
В двухдневной битве под Болховом 30 апреля — 1 мая 1608 г. разбил войско Шуйского (возглавлявшееся братьями царя, Дмитрием и Иваном), и в начале июня подступил к Москве. 25 июня стычка отрядов Самозванца и царских ратей произошла на Ходынке, повстанцы выиграли бой, однако Москву взять не удалось.
Летом 1608 года резиденцией Самозванца стало Тушино.
25 июля Василий Шуйский заключил договор с послами короля Сигизмунда III, по которому Польша должна была отозвать всех поддерживающих самозванца поляков, а Марину Мнишек обязать не признавать нового самозванца своим мужем, а себя не именовать российской государыней. Однако Рожинский и другие отказались оставить начатое ими дело, более того, войско Лжедмитрия продолжало пополняться поляками, а осенью пришёл со своими людьми Ян Сапега.
Узнав, что Мнишеки во исполнение договора отпущены из Ярославля в Польшу, Лжедмитрий решил отбить их у сопровождающего царского войска. Это было сделано, однако Марина долго не хотела вступать в стан Лжедмитрия, оставаясь у Сапеги, а Юрий Мнишек согласился признать его своим зятем, только получив запись, что Лжедмитрий, получив власть, даст Юрию 30 тыс. руб. и Северское княжество с 14 городами. Наконец Мнишеки признали Лжедмитрия. В сентябре 1608 года началась осада Троице-Сергиева монастыря. Москва, однако, не сдавалась, и в Тушино пришлось выстроить целый город с «царским» теремом. В то же время самозванец всё более терял реальную власть, в декабре 1608 г. во главе лагеря встали 10 выборных от польских наёмников.
Лжедмитрия признают многие города: Великие Луки, Псков, Суздаль, Углич, Ростов, Ярославль, Владимир и многие другие. В Ростове был захвачен митрополит Филарет (Романов), сделанный патриархом.
28 февраля 1609 года, в надежде переломить ситуацию в свою пользу, Василий Шуйский заключает с Швецией Выборгский договор, согласно которому в обмен на территории современной Ленинградской области он получает помощь 15-ти тысячного экспедиционного корпуса Делагарди. 15 мая 1609 года русско-шведское войско под Торопцом разбило повстанческий отряд, возглавляемый шляхтичем Кернозицким. Однако вступление в конфликт регулярных шведских войск вызвало возмущение польской короны, которая летом 1609 года открыто объявила войну Василию Шуйскому. Неожиданный союзник, тем не менее не помог Самозванцу, так как польские офицеры повстанцев начали присягать польскому королю. Тушинский лагерь распался, а Самозванец в декабре 1609 года бежал в Калугу.
Осенью 1610 года у касимовского хана Ураз-Мухаммеда и Лжедмитрия случился конфликт. За касимовского правителя вступился его родственник, начальник стражи Лжедмитрия, крещёный татарин Пётр Урусов. Хан был убит, а Урусов посажен на 6 недель в тюрьму, по выходу из которой, однако, был восстановлен в должности.
Во время одной из прогулок Лжедмитрия за пределы Калуги, воспользовавшись тем, что с Лжедмитрием была татарская стража и лишь несколько бояр, Пётр Урусов отомстил Лжедмитрию — «прискакав к саням на коне, рассек царя саблей, а младший брат его отсек царю руку». Место захоронения Лжедмитрия неизвестно. Существует версия, что его останки находятся в Калужской церкви.