Марина Салье родилась 19 октября 1934 года в Ленинграде, в семье горного инженера, преподавателя Ленинградского горного института и ЛГУ Евгения Александровича Салье (1904, Екатеринослав — 1971, Ленинград) и его троюродной сестры Натальи Буре (1905—1944), как и её муж, внучки петербургского часовщика Павла Буре (1810—1882). В 1941—1942 годах находилась в блокадном Ленинграде.
После окончания школы поступила на геологический факультет Ленинградского государственного университета по специальности «Геолог-геохимик» и в 1957 году успешно его окончила.
После аспирантуры в 1960—1963 годах работала сначала старшим, а позднее ведущим научным сотрудником. С 1989 года по август 1990 года занимала должность научного консультанта института.
С 1985 года — доктор геолого-минералогических наук. До 1990 года работала в Институте геологии и геохронологии докембрия АН СССР. Автор более ста научных работ по геологии.
С 1987 года Марина Салье — активист и лидер демократических организаций и движений Ленинграда. С 1989 года являлась членом оргкомитета учредительного съезда Ленинградского народного фронта (ЛНФ), членом координационного совета и правления ЛНФ.
С 1989 по 1990 года занимала пост лидера Межрегиональной ассоциации демократических организаций (МАДО). Соратники шутя называли её «бабушкой русской демократии».
В 1990—1993 годах Марина Салье была депутатом Ленинградского городского Совета и стала председателем комиссии по продовольствию.
С января 1992 года Салье работала членом Малого совета Санкт-Петербургского горсовета, а с 14 апреля 1992 года исполняла обязанности постоянного представителя Санкт-Петербургского горсовета при Верховном Совете России.
В 1990 году стала одним из инициаторов создания и идеологом Свободной демократической партии России (СвДПР). Активно участвовала в движении «Демократическая Россия». В январе 1992 года была избрана сопредседателем Движения, однако вскоре вместе с Юрием Афанасьевым приостановила своё членство в нём в знак несогласия с политикой его руководства. Пыталась изменить политику Движения путем созыва его внеочередного съезда, а после неудачи этих попыток инициировала создание альтернативной организации «Российский учредительный союз» с целью созыва Учредительного собрания, однако и эта попытка не увенчалась успехом.
Была народным депутатом России с 1990 года до сентября 1993 года, участницей Конституционного совещания.
В 2000 г. уехала из Санкт-Петербурга и поселилась в деревне Ладино Псковской области.
В марте 2010 г. подписала обращение российской оппозиции «Путин должен уйти». Была ярым политическим противником В. Путина, обвиняя его в махинациях на 100 млн долларов во время работы в Санкт-Петербурге.
В 2011 году вступила в Партию народной свободы (ПАРНАС) и призвала последовать её примеру членов Свободной демократической партии России(недоступная ссылка). 4 февраля 2012 года открывала митинг «За честные выборы» на Конюшенной площади в Санкт-Петербурге.
21 марта 2012 года радио «Свобода» опубликовало письмо Марины Салье Михаилу Прохорову, в котором Салье выразила намерение вступить в партию Прохорова и сообщила, что отозвала своё заявление о вступлении в ПАРНАС.
Ушла из жизни 21 марта 2012 года от обширного инфаркта.
Марина Салье была похоронена на Серафимовском кладбище Санкт-Петербурга.
В 1992 году Салье возглавила комиссию Санкт-Петербургского городского Совета народных депутатов, созданную для расследования деятельности председателя Комитета по внешним связям при мэре Санкт-Петербурга Владимира Путина. После того как комиссия представила результаты расследования, горсовет принял резолюцию, призывающую мэра отправить Путина в отставку и поручить прокуратуре расследовать подозрения в коррупции и хищении средств. Мэр проигнорировал рекомендацию. По другим данным, прямых злоупотреблений выявлено не было.
В начале 2000 года журналисты, заинтересовавшись прошлым преемника Бориса Ельцина, разыскивали различные сведения о Владимире Путине, и взяли интервью у Марины Салье, пытаясь привлечь внимание к результатам её расследования.
В 2001 году она неожиданно покинула Санкт-Петербург и переехала жить в деревню, расположенную более чем в 100 км от Санкт-Петербурга. С тех пор Салье появилась на публике только два раза: на митинге памяти Бориса Ельцина в Санкт-Петербурге, и там же открывала митинг на Конюшенной площади после марша «За честные выборы!» 4 февраля 2012 года. По некоторым сведениям, причиной столь внезапного отъезда явилась поздравительная телеграмма от Путина к Новому (2001) году, в которой он пожелал Салье здоровья и возможности его использовать. Сама Марина Евгеньевна в своем интервью 2 марта 2010 года «Радио Свобода» опровергла эти сведения, объяснив, что подобной телеграммы она не получала, и что она «переехала из-за Юшенкова», увидев у него в приёмной подозрительных личностей. В этом интервью она также рассказала об имеющихся у неё документах, подтверждающих обвинения Путина в коррупции. Там же она объяснила свой отъезд в деревню страхом за свою жизнь.
Радио Свобода утверждает:
Автор около 100 научных работ (в том числе 6 монографий).
Последние годы в зимний период М. Е. Салье проживала в Санкт-Петербурге в доме своей сестры Татьяны Евгеньевны Салье — доцента кафедры лингвистики и перевода / кафедры английского языка Невского института языка и культуры, кандидата филологических наук, и её мужа Александра Ивановича Кирьянена — доцента-математика, депутата Ленсовета — Петросовета в 1990—1993 годах, председателя Общества ингерманландских финнов «Инкерин Лийтто».
Дядя (родной брат отца) — переводчик Михаил Александрович Салье.