М. Ундер родилась в семье учителя, родители были выходцами с острова Хийумаа. В 1891—1900 годах училась в частной немецкой женской школе в Таллине. В 1902 году она выходит замуж и уезжает в Москву, где живёт до 1906 года, после чего возвращается в Таллин. Первые стихотворения, написанные Ундер на немецком языке, относятся к 1904 году.
На деревья льют тучи золото,
на полях туман цвета олова.
Я хожу-брожу в пышном клевере,
тяжко пахнущем в ночь на севере.
И шиповник снег сыплет розовый,
как усталые дети – грёзово
жаждут сна цветы. Стадо к дому в путь.
Тихо тихнет всё, чтоб уснуть, уснуть.
(Перевод Игоря Северянина)
Под влиянием своего близкого друга, эстонского художника Антса Лайкмаа, начинает всё чаще писать стихотворения на эстонском языке. В 1917 году вступает в литературную группу Сиуру, в этот период поэзия М. Ундер находится под сильным влиянием символизма. Стихотворения поэтессы становятся жизнерадостными, прославляют Любовь и Природу. Большим успехом был вышедший в 1917 году её сборник «Сонеты». В 1920-е—1930-е годы М. Ундер — одна из крупнейших эстонских мастеров слова. Поэт Игорь Северянин издал поэтический сборник «Предцветение» из переведённых им на русский язык произведений Марии Ундер.
Моя весна – сейчас за Рождеством.
Давно, давно мне солнца не хватало:
сквозь запотелость рам лучей так мало,
и в скучной темноте мой дремлет дом.
Сквозь злые тучи, бури и метель
вам, ищущим глаза мои, от света
отвыкшие, – о, сколько вам привета!
Мглу улиц сдует красок карусель...
(Перевод Игоря Северянина)
В 1944 году, при наступлении Советской Армии и изгнании немецких войск из Эстонии, М. Ундер с семьёй эмигрировала в Швецию, где около года жила в лагере беженцев. В 1945 году перебралась в Стокгольм, где работала в одном из театральных музеев. Много переводила, в том числе с русского языка на эстонский, в частности, «Реквием» А. Ахматовой, стихотворения из «Доктора Живаго» Б. Пастернака. Занимала враждебную к советской власти позицию, что послужило поводом для замалчивания её творчества в СССР на долгие годы. Умерла в Стокгольме в 1980 году.