Родился в Париже, отец — Луи Шарпантье, по профессии «ma?tre ?crivain» (фр. переписчик официальных документов). Когда Марк-Антуан начал заниматься музыкой, неизвестно.
В начале 1660-х Шарпантье едет в Италию изучать живопись, но вместо этого на три года поступает в учение к Джакомо Кариссими, самому знаменитому римскому композитору той эпохи. В конце 1660-х он возвращается в Париж и поступает на службу к Мари де Лоррен, принцессе Жуанвильской, герцогине де Гиз. Мадмуазель де Гиз обожает музыку, в ее доме постоянно проводятся музыкальные салоны, но Гизы находятся в оппозиции к королевскому двору, и жизнь Шарпантье протекает вдали от музыкального бомонда той эпохи.
В 1672 г. Мольер приглашает Шарпантье заменить Люлли в работе над его комедиями-балетами, в частности «Графиня д’Эскарбаньяс», «Брак поневоле», «Докучные» и «Мнимый больной». После смерти Мольера Шарпантье продолжает работать в Труппе короля, с 1682 г. называемой «Комеди Франсез».
В апреле 1683 г. жаждущий признания Шарпантье принимает участие в конкурсе на должность учителей музыки Королевской капеллы. Из-за болезни он не смог пройти испытания до конца, но его отмечает Людовик XIV. После смерти 30 июля 1683 г. королевы Марии-Терезии Шарпантье получает заказы на сочинения в ее память (мотет «Luctus de morte augustissim? Mari? Theresi? regin? Galli?» и др.).
В начале 1680-х Шарпантье назначен ответственным за музыку к религиозным службам Дофина, он также обучает музыке герцога Орлеанского, будущего регента Франции, для которого написал трактаты «Правила композиции» и «Сокращенные правила аккомпанемента». Во время одного из визитов к дофину короля, последнему так понравилась музыка Шарпантье, что он до своего возвращения в Сен-Жермен не хотел слушать ничего другого. В честь переезда королевского двора в Версаль, Шарпантье сочиняет дивертисмент «Версальские удовольствия». После смерти в 1688 г. Мадмуазель де Гиз, Шарпантье поступает на службу к Иезуитам, — учителем музыки в колледж Людовика Великого на улице Сен-Жак в Париже, а потом в церковь Святого Людовика на улице Сент-Антуан.
Во время службы у Иезуитов, Шарпантье представляет в Королевской академии музыки «Медею», свою лучшую лирическую трагедию (4 декабря 1693 г.).
28 июня 1698 г. Шарпантье назначают учителем музыки в Сен-Шапель, наряду с Собором Парижской Богоматери, одного из самых важных учреждений Парижа, где он занимается с детьми семи-восьми лет сольфеджио, вокальной техникой, чтением с листа и композицией.
Шарпантье умер в своем домике в Сен-Шапель 24 февраля 1704 г.
На протяжении двух сотен лет находилось в забвении имя и музыка Марка-Антуана Шарпантье. Интерес к его творчеству вновь возник в 50-х годах XX века, когда музыка из его мотета Te Deum была избрана гимном Евровидения.
Ноэли, прелюдии, увертюры, сонаты, трио, концерты.
Мессы, секвенции, антифоны, гимны, магнификаты, литании, респонсории, 4 Te Deum’а, псалмы, мотеты.