Фон Хаген получил образование в Джорджтаунском университете, Университета Индианы в Блумингтоне и Стэнфордском университете, где получил докторскую степень. Преподавал в Стэнфордском университете и в Йельском университете, Свободном университете Берлина и Школе высших исследований в области социальных наук (Париж). В Школе международных и общественных отношений в Колумбийском университете был председателем Целевой группы по обзору учебной программы школы, занимал должность директора по программе магистра в области международных дел, служил заместителем директора, затем директором института Гарримана (1989—2001) старейшего исследовательского и учебного центра США по государствам и обществам в постсоветской Евразии.
Фон Хаген в 1995 году высказал мнение о том, что историческая и интеллектуальная легитимность историй новых восточноевропейских государств как отдельных дисциплин пока не доказана и бремя доказательств ложится на независимых исследователей:
Подобно международной политической системе, которая должна теперь приспособиться к недавно заявленным суверенитетам восточноевропейских и центральноевропейских народов, ученые за пределами региона должны будут обосновать историческую и интеллектуальную легитимность объектов своего исследования.
— Марк фон Хаген. Does Ukraine Have a History?
В августе 2009 года на программе Голоса Америки сообщил, что считает себя и русофилом, и украинофилом, и ему очень больно наблюдать за тем, что происходит на протяжении последних двух лет в отношениях между этими двумя странами:
Я критически отношусь и к правительству России, и к правительству Украины и считаю, что и те, и другие обращают внимание на более-менее символические культурные и историографические конфликты, потому что не могут или не хотят решать более важные экономические и политические проблемы внутри своих стран.
— Марк фон Хаген. Голос Америки. 13 августа 2009