Родился 29 сентября 1948 в городе Флинт недалеко от Детройта, штат Мичиган.
Знакомство с музыкой Марка Фарнера началось в возрасте 15 лет, когда из-за проблем с коленями и сломанного пальца он не смог продолжить тренировки по футболу в школе Кирсли (Kirsley High School) и поругался с преподавателем физического воспитания Холи Розари. Это привело к тому, что Марк покинул школу на последнем году обучения и всё свободное время посвятил игре на электрогитаре. Дальнейшее образование он продолжил в вечерней школе города Флинт и начал музыкальную карьеру сначала в любительском группе Genesseians (1964), впоследствии — в The Derelicts и Robin’s Hoods (1965).
После распада Grand Funk в 1976 году, Фарнер в 1977 году выпустил свой первый сольный альбом с простым названием Mark Farner. Второй, No Frills, вышел в 1978 году (оба вышли на лэйбле Atlantic Records).
В 1981 году Фарнер и Дон Брюэр собирают новый состав Grand Funk и записывают два альбома, «Grand Funk Lives» и «What’s Funk?».
В 1988 году, после принятия христианства, Марк начал выпускать альбомы в стиле Contemporary Christian Music на студии Frontline. Его новая группа называлась Mark Farner & The Godrockers. Этой группой в период 1988—1992 годов было выпущено три альбома и один сборник. Песня Isn’t It Amazing? попадает на второе место в религиозном чарте журнала Billboard.
Фарнер гастролировал с Ringo Starr’s Allstars в период с 1994 по 1995 год, который также включал Рэнди Бэкмена, Джона Энтвисла, Феликса Кавальере, Билли Престона, а также сына Старра Зака Старки.
В настоящее время он даёт концерты со своей группой, N’rG, которая играет как свои песни и сольный материал Фарнера.