Марк Матвеевич Антокольский родился 21 октября (2 ноября) 1843 года в Вильне. Фамилия происходит от названия пригорода Антоколь (Antakalnis, ныне один из районов города).
Он был младшим, седьмым, ребёнком в еврейской семье. Его родители были людьми небогатыми и очень религиозными. Ещё мальчиком Антокольский рисовал везде, где только мог — на столе, на стенах. Иудаизм запрещает изображение человека и животных, поэтому родители относились резко негативно к увлечению сына. Но, когда ребёнок подрос, его отдали в обучение к резчику по дереву. О талантливом подмастерье узнала жена виленского генерал-губернатора В. И. Назимова А. А. Назимова — известная покровительница искусств. Благодаря её ходатайству будущего великого скульптора приняли в Академию художеств (ему было дозволено посещать вольнослушателем скульптурный класс).
В 1864 году Антокольскому была присвоена серебряная медаль за горельеф «Еврей-портной», а в 1865 году — золотая за горельеф «Скупой». Во время учёбы в Академии Антокольский не только в совершенстве овладел русским языком (дома говорили на идиш), но и увлёкся российской историей и литературой. И первой большой его работой стала статуя «Иван Грозный» (1870 год). Совет Академии присудил студенту Марку Антокольскому за «Ивана Грозного» высшую награду — звание академика. Великая княгиня Мария Николаевна, покровительствовавшая Академии художеств, пришла в восторг от скульптуры и рассказала о работе молодого художника императору Александру II. Статуя произвела на царя огромное впечатление, и он приобрёл её для Эрмитажа за 8 тысяч рублей (по тем временам огромная сумма).
В 1871 году, после окончания Академии, Антокольский уезжает в Рим и Париж. В то время обычная для выпускников Академии художеств практика. Считалось, что будущие скульпторы и живописцы должны окунуться в культурную атмосферу и увидеть работы классиков в оригинале. В Риме Антокольский работал над статуей Петра I, задуманной ещё в России. Эту работу он выслал в Санкт-Петербург. В это же время Антокольского избрали членом-корреспондентом Парижской академии. В 1878 году он показал свои новые работы на Всемирной выставке в Париже и получил её высшую награду и французский орден Почётного легиона. Вскоре его избрали почётным членом многих западноевропейских академий: Венской, Берлинской, Лондонской и других.
В 1889 году скульптор создаёт статую «Нестор-летописец». В 1891 году он завершает ещё две работы: майолику «Ярослав Мудрый» и бронзовую статую «Ермак».
Скончался Антокольский во Франкфурте-на-Майне (по другим источникам — в городе Бад-Хомбург) и был похоронен в Петербурге на Преображенском еврейском кладбище.
Антокольский много писал, известны его статьи по вопросам искусства в «Санкт-Петербургских ведомостях», «Неделе», журнале «Искусство и художественная промышленность», в «Вестнике Европы» в 1887 опубликована его «Автобиография», незадолго до смерти написал роман «Бен-Изак» — хронику из еврейской жизни.
Под редакцией В. В. Стасова и с его большим предисловием после смерти скульптора была издана книга «Марк Матвеевич Антокольский. Его жизнь, творчество, письма и статьи» (Санкт-Петербург —Москва, 1905).
Внучатый племянник М. М. Антокольского — известный поэт Павел Антокольский.
«Мефистофель» (1883)
«Нестор-летописец» (1890)
«Христос»
«Не от мира сего. (Христианская мученица)»
Наиболее известные произведения: