Марк Петер Гертруда Андреас ван Боммел с детства мечтал играть за «Барселону». Но при этом понимал, что дорога в «Барселону» долга и терниста, сначала нужно добиться успеха на родине. Ван Боммел начинал играть в футбол в клубе своего города «РКВВ Масбрахт». В 1992 году он подписал свой первый профессиональный контракт с клубом «Фортуна». Его партнёры по той команде, Вилфред Баума и Кевин Хофланд позже также перешли в «ПСВ», хотя «Фортуне» даже с такими талантливыми игроками было далеко до чемпионских амбиций. Именно Ван Марвейк увидел у парня задатки полузащитника и передвинул его в среднюю линию, к неудовольству самого Чудища. Тренер и игрок ругались несколько дней, пока Ван Марвейк не переубедил упрямца.
Когда за Ван Боммелем приехали из «Аякса» посланцы самого Луи ван Гала, он отказал им. Виной тому нефутбольная причина: Марк женился на дочери своего тренера. Позже футбольные (но не семейные) дороги Ван Марвейка разошлись, правда, два года назад они снова воссоединились в сборной Нидерландов, куда Марк вернулся.
Успешная игра ван Боммела в центре полузащиты привлекла внимание гиганта голландского футбола «ПСВ», и в 1999 году он перешёл в этот клуб, с которым выиграл три чемпионских титула. В 2001 и 2003 годах за свою игру он получал звание игрока года в Нидерландах. Его дебют в национальной команде Нидерландов произошёл 7 октября 2000 года в матче против Кипра, который его команда уверенно выиграла 4:0. В «ПСВ» ван Боммел вместе с другим центральным полузащитником, швейцарцем Йоханном Фогелем, образовывали мощнейший тандем, позволивший «ПСВ» в этот период превзойти на внутреннем уровне другой голландский суперклуб, «Аякс». Однако в составе сборной ван Боммелу не везло — его команда не смогла попасть на Чемпионат мира 2002, а затем травма не позволила ему сыграть на Евро 2004 в Португалии.
В своём последнем сезоне в «ПСВ» ван Боммел помог команде выиграть чемпионат Нидерландов и дойти до полуфинала Лиги Чемпионов. В январе он собирался перейти в команду своего тестя Берта ван Марвейка, «Боруссию Дортмунд», однако в последний момент решил доиграть сезон в «ПСВ». В итоге после успешного сезона интерес к ван Боммелу со стороны известных клубов значительно возрос, и в мае 2005 он перешёл в испанскую «Барселону». Последний сезон стал наиболее успешным в его карьере — команда выиграла второй подряд чемпионский титул, а также Лигу Чемпионов, а ван Боммел наконец принял участие в крупном международном турнире — Чемпионате мира 2006, где его команда дошла до 1/8 финала. Но, играя за «Барселону», он часто получал травмы. После турнира Марк отказался выступать за сборную, пока ей руководит Марко ван Бастен. После прихода Берта ван Марвейка в качестве тренера ван Боммел вернулся в команду.
26 августа 2006 года менеджер «Баварии» Ули Хёнес объявил о переходе ван Боммела в мюнхенский клуб. Пресса сочла этот переход вынужденной заменой Оуэну Харгривзу, который в итоге так и не покинул клуб. «Бавария» заплатила «Барселоне» 7,7 миллиона долларов за голландского полузащитника. В первом же сезоне Марк завоевал уважение болельщиков клуба, победив в опросе на звание лучшего игрока года, опередив ветеранов Роя Макая и Мехмета Шолля. Несмотря на то, что команда была сильно обновлена, он являлся одним из ключевых игроков немецкого суперклуба. Позже ван Боммел стал капитаном «Баварии». 17 марта 2010 года Марк продлил контракт с «Баварией» до 30 июня 2011 года.
25 января 2011 года ван Боммел досрочно расторг контракт с "Баварией" и подписал контракт с итальянским клубом «Милан» сроком до конца сезона 2010/11. 26 января 2011 года дебютировал за «Милан» в выездном матче 1/4 финала Кубка Италии 2010/11 против «Сампдории». 29 января в гостевой игре против «Катании», получил свою первую красную карточку за Милан.
Марк ван Боммель обладает не самой лучшей репутацией в футбольном мире. Он считается игроком грубым, даже грязным, не брезгующим средствами для того, чтобы отобрать мяч.