В течение четырёх лет выступал за нидерландский «Твенте».
С 6 августа 2009 года, на правах аренды, играл за итальянский «Интер» по 30 мая 2010 года.
4 июня 2010 года Арнаутович подписал четырёхлетний контракт с бременским «Вердером».
По мнению Оттмара Лариша, специалиста, работавшего с Арнаутовичем в в детско-юношеской школе венской «Аустрии», «у Марко есть проблемы в области психологии. Дело в том, что он страдает комплексом неполноценности. Поэтому ему было бы полезно обратиться к психологу. По своим игровым качествам он напоминает игроков „Барселоны“, просто они никогда не становятся участниками скандалов. В этом разница между ними».