Бонаноми начал свою автогоночную карьеру в 2001 с выступлений на нескольких этапах Еврокубка Формулы-Рено и Итальянской Формулы-Рено за команду Cram Competition. Он принимал участие в тех же сериях в 2002, но уже за команду RP Motorsport.
Спустя четыре года Бонаноми участвовал в четырёх гонках сезона 2006 Мировой серии Рено за команду Tech 1 Racing. Он провёл полный сезон в 2007, завершив сезон на 12-м месте личного зачёта за команду RC Motorsport. В 2008 он снова участвовал в серии на этот раз за команду Comtec. Он выжил в чудовищной катастрофе в конце сезона на трассе Каталунья. За ним шёл позади Михаил Алёшин и на главной прямой болид Бонаноми столкнулся колёсами с болидом россиянина его болид взлетел и врезался в цифровое табло, его болид приземлился вверх тормашками на траве перед пит-лейн. Он не получил травм, но его машина была невосстановима и на этом его сезон был завершён.
С 2003 по 2005 Бонаноми был сфокусирован на Формуле-3 и выступал в итальянском чемпионате и Евросерии, а также в некоторых одиночных соревнованиях. За это время он побывал в бывшей команде Формулы-1, Coloni, а также бывшего пилота и соотечественника Пьеркарло Гиндзани.
В 2006, Бонаноми участвовал в Евросерии 3000 за команду Fisichella Motor Sport, которая принадлежит его соотечественнику и пилоту Формулы-1 Джанкарло Физикелле. Он завершил сезон в ранге вице-чемпиона, заработав 6 поул-позиций, побед и быстрых кругов в 18 стартах: этот сезон стал самым успешным в его карьере.
В дополнении к Мировой серии Рено в 2007 Бонаноми также выступил на нескольких этапах дебютного сезона серии Международная Формула Мастер, завершив сезон на пятнадцатом месте.
В начале 2008 года Бонаноми принял участие в новой серии GP2 Asia. Выступая за команду Piquet Sports, он выиграл заключительную гонку в Дубае, это была одна из его самых престижных побед в карьере. Он вернулся в GP2 Asia в сезоне 2008-09, заменив Алекса Йонга в Qi-Meritus Mahara начиная с январьского этапа в Бахрейне. Это произошло из-за того что Йонг, долгое время не участвовал в гонках и это сказывалось на его результатов.