Отец Фичино был домашним врачом Козимо Медичи и входил в интеллектуальный кружок этого крупнейшего банкира и фактически полновластного правителя Флоренции, предпринимавшего попытки преодолеть разделение церквей на латинскую (католическую) и греческую (православную). После того, как эти попытки потерпели неудачу, внимание Козимо Медичи и членов его кружка сосредоточилось на учении византийского мыслителя Георгия Гемиста Плифона, активно пропагандировавшего греческую философию и нареченного за это «вторым Платоном». На основе переосмысления платонизма Плифон стремился сконструировать новую универсальную религиозную систему, которая стала бы реальной альтернативой существующим монотеистическим вероисповеданиям (прежде всего христианству) и открывала путь к подлинной истине.
Фичино получил образование в университете Флоренции, где изучал греческий и латинский языки, философию и медицину. Когда Козимо Медичи решил воссоздать во Флоренции платоновскую Академию, его выбор пал на Марсилио. В 1462 Медичи подарил Фичино имение, расположенное неподалеку от его собственного, а также греческие рукописи произведений Платона и некоторых других древних авторов. Фичино стал домашним учителем внука Козимо Медичи Лоренцо Медичи. Среди других учеников Фичино был выдающийся философ-гуманист Джованни Пико делла Мирандола.
Следуя направлению мысли Плифона, Фичино пытался в своем творчестве синтезировать христианство, каббалу и платонизм. Исходя из представления о том, что Платон опирался в своем творчестве на таких представителей «древнего богословия» как Гермес Трисмегист, Орфей и Зороастр, Фичино начал свою переводческую деятельность с текстов, приписываемых этим авторам. В начале 1460-х гг. он перевел с греческого языка на латынь «Гимны» и «Аргонавтики» Орфея. Затем в 1461 перевел и опубликовал трактаты Герметического корпуса. И только после этого он в 1463 приступил к диалогам Платона.
В 1468 году Фичино окончил перевод всех сочинений Платона на латынь и занялся комментированием некоторых из них. В период между 1469 и 1474 гг. Фичино создал свое главное произведение — трактат «Платоновское богословие о бессмертии души» (опубликовано 1482), в котором пытался «показать во всем созвучие платоновских мыслей с Божественным законом», то есть согласовать и примирить древнюю языческую мудрость с христианством.
По мысли Фичино, философия есть «озарение ума», а смысл философствования — в предуготовлении души и интеллекта к восприятию света божественного откровения. С этой точки зрения философия и религия совпадают, а их истоком оказываются священные мистерии древности. Легендарные пророки (Гермес Трисмегист, Орфей, Зороастр) оказались в свое время «просвещены» божественным светом. Впоследствии к этим же мыслям пришли Пифагор и Платон. Тексты и Герметического корпуса, и платоновской традиции, и христианской доктрины, по мысли Фичино, проистекают из единого Божественного Логоса.
Метафизическая реальность представляет собой нисходящую последовательность пяти совершенств, к которым относятся: Бог, ангел (образуют интеллигебельный мир); душа (триединый «узел соединения»); качество (форма) и материя (конституирующая физический мир). Бог рассматривается Фичино как бесконечное высшее существо, деятельность которого порождает мир вещей в процессе постепенного творения (эманации). Человек занимает особое место в мире в силу того, что его душа находится в серединном положении между божественным и материальным. Именно душа олицетворяет связь между телами в природе, помогая им подняться до ангелов и даже высшего божественного существа. Благодаря наделенности души способностью к познанию, все ступени бытия могут вновь возвращаться в божественное единство. Человек — это микрокосмос, познающий макрокосмос, а способность к познанию представляет собой главное достоинство человека, сливающегося с Богом на высшей ступени познания.
Фичино о душе:
Перевод всех сочинений Платона на латынь и краткие пояснения к ним Фичино завершил в 1468 (впервые опубликованы в 1484). Тогда же он приступил к комментированию некоторых платоновских диалогов. Комментарий Фичино к платоновскому диалогу «Пир» (1469, известен также под названием «О любви») был источником большинства рассуждений о любви у мыслителей, поэтов и писателей Возрождения. Фичино считал, что любовь представляет собой вид «обожествления» бесконечной игры вечности — воссоединение в Боге человека эмпирического с метаэмпирической Идеей путем постепенного восхождения по лестнице любви.
В 1473 Фичино принял сан священника и впоследствии занимал ряд важных церковных постов. В трактате «О христианской религии» (1474) он фактически возобновил традицию раннехристианской апологетики.
Деятельность Фичино вызвала широкий общественный резонанс. Вокруг него сложилась группа единомышленников, своего рода ученое братство, получившее известность под названием Платоновской академии. Академия стала одним из важнейших интеллектуальных центров эпохи Возрождения. В её состав входили люди самого разного звания и рода занятий — аристократы, дипломаты, купцы, чиновники, священнослужители, врачи, университетские профессора, гуманисты, богословы, поэты, художники.
В 1480—90-е гг. Фичино продолжает исследовать традицию «благочестивой философии»: переводит на латынь и комментирует «Эннеады» Плотина (1484—1490; изданы в 1492), а также сочинения Порфирия, Ямвлиха, Прокла, Дионисия Ареопагита (1490—1492), Михаила Пселла и др. Воодушевленный переоткрытием античности, Фичино проявляет большой интерес к астрологии и публикует в 1489 медико-астрологический трактат «О жизни». Это приводит его к конфликту с высшим духовенством католической церкви, в частности с Папой Иннокентием VIII. И только высокое покровительство спасает его от обвинения в ереси.
В 1492 Фичино пишет трактат «О солнце и свете» (опубликован 1493), а в 1494 завершает обширные толкования к нескольким диалогам Платона. Умер Фичино за комментированием «Послания к римлянам» апостола Павла.
Влияние Фичино на мировоззрение эпохи Возрождения было столь значительным, что, например, Бруно, читая лекции в Оксфордском университете, представлял третью часть его трактата «О жизни», посвященного проблемам магии и магического, как собственное оригинальное сочинение.
Благодаря переводам трудов Платона, неоплатоников и других произведений античности с греческого на латинский язык, Фичино способствовал возрождению платонизма и борьбе со схоластическим аристотелизмом. Заложенные в его сочинениях, но им самим не развернутые, предпосылки пантеизма, оказали значительное воздействие на философские воззрения Пико делла Мирандолы, Патрици, Бруно и др. Апология земной красоты и достоинства человека способствовала преодолению средневекового аскетизма и оказала влияние на развитие изобразительного искусства и литературы. Идея Фичино о «всеобщей религии», не скованной культовыми, обрядовыми и догматическими различиями, сказалась на формировании учения о «естественной религии» в философии 16—17 веков.