Марсио Аморозо начал свою карьеру в клубе «Гуарани», куда он пришёл в юном возрасте. В 1992 году футболиста стали привлекать к товарищеским матчам в основе клуба, но в официальных матчах Аморозо так на поле и не выходил. Марсио, очень желавший выходить на поле, попросил руководство команды продать его в любую другую команду, на что клуб ответил отказом. Но вскоре «Гуарани» изменил свое решение, так как к Марсио поступило предложение из Японии из клуба «Верди Кавасаки», и передал молодого футболиста на правах аренды в токийский клуб. В «Верди» Аморозо почти стал сразу основным форвардом команды и главной ударной силой клуба, забив в 19 матчах 16 мячей, чем помог «Кавасаки» дважды выиграть J-Лигу.
В 1994 году Аморозо вернулся из аренды в «Гуарани». 14 августа он, наконец, дебютировал в Чемпионате Бразилии в игре с «Крузейро», в котором «Гуарани» победили 2:0. 1994-й год был годом проведения Чемпионата мира, и Марсио Аморозо усиленно рвался в команду, уезжающую на мундиаль, забил в 26 матчах чемпионата 19 мячей, став лучшим снайпером турнира (вместе с Тулио), но безрезультатно, чемпионат мира прошёл без Аморозо. В конце сезона Аморозо, к тому же, получил Золотой мяч лучшего футболиста года в Бразилии, этот успех тем удивительнее, что победил футболист, не игравший на победном для Бразилии чемпионате мира.
В 1995 году Марсио вновь блистал результативностью в «Гуарани», забив в 13 матчах 9 мячей, но в середине сезона получил травму колена, первоначально даже грозившую преждевременному окончанию карьеру футболиста, и долго лечился. По окончании сезона Аморозо перешёл в клуб «Фламенго», но игра в новой команде у Марсио не заладилась, и он, отыграв во «Фла» всего три месяца, поспешил сменить клуб.
В августе 1996 года Марсио Аморозо подписал контракт с командой Серии А «Удинезе». Первоначально Аморозо покупался «Удинезе» как второй нападающий, для помощи основному голеадору клуба из Удине, Оливеру Бирхоффу. В первый же сезон в новом клубе Аморозо забил 12 мячей в 28 матчах, продемонстрировав неплохую результативность и всего один мяч отстав от Бирхоффа. В следующем сезоне Аморозо забил всего лишь 5 голов (и один в Кубке Италии), но он часто ассистировал Бирхоффу, а также отвлекал часть внимания обороны на себя, во многом благодаря Аморозо Бирхофф стал лучшим бомбардиром серии А с 27 мячами. По окончании сезона 1997/1998, Бирхофф перешёл в «Милан», а Аморозо, фактически, остался единственным опытным форвардом в команде. Сезон 1998—1999 Аморозо провёл фантастически — 22 мяча в 32 матчах чемпионата и 2 мяча в Кубке Италии, позволили Аморозо стать лучшим снайпером сезона в Италии.
Перед сезоном 1999/2000 Аморозо за 3 миллиона долларов перешёл в клуб «Парма», соблазнившись на миллионный контракт, предложенный руководством клуба. В «Парме», за 2 сезона, Аморозо забил 18 мячей в 51-м матче на всех уровнях, но тому были объективне причины, Аморозо в начале своего прихода в команду получил тяжелую травму и долго восстанавливался.
В 2001 году Аморозо сменил итальянский футбол на немецкий и перешёл в клуб «Боруссия» из Дортмунда, которая заплатила за футболиста 25 миллионов долларов. Первый сезон вышел впечатляющим, «Боруссия» выиграла Бундеслига, а Аморозо стал лучшим снайпером турнира с 18-ю голами, к которым добавил ещё 8 мячей, забитых в 13-ти матчах еврокубков. Но ярко «вспыхнув» в первый сезон, результативность Аморозо катастрофически снизилась в последующие 2 года, и его услуги «Боруссии» больше не понадобились.
Марсио Аморозо перешёл в испанский клуб «Малага», но хотя Аморозо в большинстве матчей выходил в стартовом составе клуба, он забил лишь 5 мячей в 29 матчей. В июне 2005 года Аморозо вернулся в Бразилию, куда его пригласил «Сан-Паулу». Аморозо приехал в клуб к матчам Клубного чемпионата мира, в котором забил 2 мяча в двух матчах и завоевал этот почетный трофей. А всего за 2 года в «Сан-Паулу» Аморозо забил 20 мячей в 28 матчах.
В январе 2006 года Аморозо покинул «Сан-Паулу» и уехал в «Милан», подписав контракт на 18 месяцев, который искал замену ушедшему Кристиану Вьери. Но Аморозо не смог вписаться в игру «Милана», часто даже оставаясь вне заявки матчей, провел лишь 5 матчей (4 в чемпионате), забив один мяч. В сентябре 2006 года, Аморозо и «Милан» по обоюдному согласию расторгли договор и Аморозо стал свободным агентом. На Аморозо стазу вышли руководители «Коринтианса», который в те годы переживал серьёзный кризис, после потери Карлоса Тевеса. За 2 года в «Коринтиансе» Аморозо почти не играл, провел лишь 15 матчей, забив 2 мяча. В апреле 2007 года, «Коринтианс» и Аморозо, как и два года назад «Милан», решили расторгнуть контракт. Аморозо перешёл в «Гремио», но провёл в клубе меньше полугода и расторг контракт из-за плохой физической формы.
В январе 2008 года, Аморозо подписал полуторагодовой контракт с греческим «Арисом», за клуб из Салоников Аморозо провел 12 матчей и забил 2 мяча.
29 декабря 2008 года Аморозо, впервые за 16-ть лет, вернулся в клуб своего детства «Гуарани», в котором получил травму, восстановившись лишь после 5 месяцев «простоя», после чего клуб принял решение не продлевать контракт с футболистом, в результате чего Аморозо был вынужден завершить свою карьеру.