Сын Каспара Шонгауэра, работавшего ювелиром в Аугсбурге. За красоту своих произведений Шонгауэр был назван «Прекрасным Мартином» (Martin Sh?n или Hipsch Martin, у итальянцев Bel Martino). Работал преимущественно в Кольмаре, в 1488 году переехал в Брейзах, где прожил последние годы жизни.
На творчество Шонгауэра сильное влияние оказал Рогир ван дер Вейден. Картин этого художника дошло до нас очень немного, самые ранние из них датируются не ранее 1469 года. Самая замечательная из них, «Мадонна в беседке из роз», находится в кольмарской церкви св. Мартина. Несомненно, Шонгауэру принадлежит также хранящийся в кольмарском музее складень, на внешней стороне которого изображено, в фигурах натуральной величины, благовещение, а на внутренней стороне Богоматерь, поклоняющаяся Младенцу-Христу, и св. Антоний с заказчиком этой иконы. Почти с полной достоверностью приписываются ему два «Святых Семейства», одно в мюнхенской Старой пинакотеке, а другое в Венском музее. Все эти картины сильно отзываются направлением фландрской школы, но в отношении деликатности исполнения уступают работам её главных представителей. Гораздо более выгодное понятие о таланте Шонгауэра дают его гравюры, которых насчитывается до 117. Они свидетельствуют, что это был первый в Германии значительный мастер, владевший резцом с уверенностью и удивительной свободой, умевший преодолевать все технические трудности и внятно передававший свои прочувствованные, благородные, иногда даже величественные композиции; особенно хороши по типам и экспрессии его идеальные головы. В своих эстампах он изображал не одни только религиозные сюжеты, но также жанровые сцены, животных, орнаменты и т. п.