Мицуко была третьей дочерью Кихати Аоямы, токийского торговца антиквариатом и маслами, и его жены Цунэ. В возрасте 17 лет в Токио Мицуко встретила австро-венгерского дипломата, графа Генриха фон Куденхове-Калерги, который часто посещал магазин ее отца, расположенный недалеко от австрийской миссии. Как вспоминал впоследствии их сын Рихард Николаус Куденхове-Калерги:
Однажды конь сбросил молодого дипломата недалеко от антикварного магазина. Трогательная помощь Мицуко произвела на Генриха Куденхове большое впечатление, и вскоре он смог получить согласие отца Мицуко на работу дочери в австрийском посольстве. Вскоре граф Куденхове-Калерги попросил руки Мицуко. В это время (период Мэйдзи, 1868—1912 гг.) Япония только начала приоткрываться западному миру, и этот брак в определенной степени переворачивал японские традиции. Тем не менее молодому дипломату удалось получить на него разрешение (злые языки утверждали, что Генрих получил согласие отца невесты после того как заплатил его долги). 16 марта 1892 года состоялась свадьба; перед этим Мицу Аояма крестилась в токийском костеле, взяв имя Мария Текла (нем. Maria Thekla).
В Японии у Мицуко и Генриха родилось два сына — Иоганн и Рихард. В 1896 году Генрих Куденхове-Калерги с женой и двумя детьми переехал из Японии в Европу и, оставив дипломатическую службу, поселился в фамильном замке Побежовице (Роншперг), на западе Чехии. Всего у Генриха и Мицуко родилось семеро детей: помимо «японцев» Ганса (Иоганна) и Рихарда, в Чехии на свет появились Герольф, Карл, Елизавета, Ида и Ольга. Мицуко, хотя и приняла западную культуру, так и не смогла полностью воспринять европейский образ жизни, перенеся японские привычки в новый дом. Всю жизнь Мицуко поддерживала с Японией и своей японской родней интенсивные связи, хотя еще раз побывать на родине ей так не довелось. В доме говорили на нескольких языках, Мицуко общалась с детьми преимущественно по-японски, немецкий выучила слабо. Увлекалась живописью, создавая полотна в восточном духе. Несмотря на искренний католицизм, вероятно, в душе оставалась буддисткой. После скоропостижной смерти мужа в 1906 году, вплоть до совершеннолетия старшего сына, Мицуко пришлось самой управлять чешскими поместьями семьи. До первой мировой войны Мицуко жила в Вене, где блистала в высшем обществе и на обложках журналов, став украшением венских аристократических и художественных кругов, часто посещала японское посольство. Ее именем названы духи Mitsouko марки Guerlain.
Во время войны Мицуко с дочерями переселилась в свое чешское поместье Пивонь, где учредила военный лазарет. После войны передала имущество старшему сыну Гансу как наследнику. После 1918 года, распада Австро-Венгрии и получения Чехословакией независимости, она переехала на виллу в Мёдлинг под Веной, где жила в со своей дочерью Ольгой вплоть до своей смерти. 28 августа 1941 года, после второго инсульта, Мицуко скончалась. Похоронена на Хитцингском кладбище. Мицуко оставила воспоминания, записанные по-немецки ее дочерью Ольгой.
Мицуко является популярной фигурой в японском кино. Она также является главной героиней манги «Леди Мицуко» (яп. ???????) Ваки Ямато.