Первоначально Михаил занимался разными видами спорта, но затем решил, что будет футболистом. В футбольной школе «Зенит», где уже учился брат Александр, Михаил стал вратарём.
Из школы Михаила взяли в дубль «Зенита» (с лета 2004 года), где вскоре он стал первым вратарём. В период межсезонья, на сборе в Испании, Михаил был первым вратарём основного состава (Вячеслав Малафеев и Камил Чонтофальски были в своих сборных). С ним «Зенит» выиграл турнир «Marbellia Cup».
Михаил с 2003 года регулярно вызывался в сборную России по футболу среди юношей 1987 года рождения. С 2006 — попал в состав молодёжной сборной России.
После окончания общеобразовательной школы в 2004 году Михаил поступил в Академию физической культуры имени Лесгафта, но после перешёл в РГПУ им. Герцена, где сейчас и заканчивает учебу по специальности педагог детей дошкольного возраста.
25 апреля 2010 года состоялся его дебют в премьер-лиге в матче с «Ростовом», который закончился победой «Алании» со счётом 1:0. 10 мая 2010 «Алания» принимала московский «Спартак» и разгромила его со счётом 5:2. Кержаков отстоял весь матч, а на 90-й минуте парировал одиннадцатиметровый удар в исполнении Веллитона. В матче второго круга в Москве он также не позволил отличиться Ибсону.
27 декабря 2010 года в качестве свободного агента перешёл в «Волгу» из Нижнего Новгорода.
Родители — Анатолий Рафаилович, в прошлом футболист, играл во второй советской лиге за «Химик» (Дзержинск), и Татьяна Вениаминовна. Брат — Александр Кержаков, также профессиональный футболист, нападающий «Зенита».