Михаил Никитич Волконский родился в семье князя Никиты Фёдоровича Волконского и Аграфены Петровны, урождённой Бестужевой. После того, как его мать сослали в Тихвинский монастырь, а отца сделали шутом при дворе Анны Иоанновны, воспитывался дядей Михаилом Бестужевым-Рюминым. Позднее зачислен в учреждённый императрицей кадетский корпус.
Участник русско-турецкой войны в 1738—1739 годах и Семилетней войны, в которой отличился при Пальциге и Кунерсдорфе. В 1761 назначен командующим войсками, расположенными в Польше.
После дворцового переворота 1762 года, как один из сторонников Екатерины, получил от неё орден Св. Александра Невского, звание сенатора, чины генерал-аншефа и подполковника Конной гвардии. В 1762 году подписал перемирие с Пруссией в Ноймарке. В 1764 командовал корпусом в Польше, в 1767 награждён орденом Св. апостола Андрея Первозванного. В 1769 назначен послом в Польше.
После произошедшего в 1771 году Чумного бунта М. Н. Волконский назначен главнокомандующим в Москву. В 1773—1774 годах во время Пугачёвского восстания по требованию Волконского в Москву стянуты значительные военные силы, у резиденции губернатора выставлены пушки. В 1774 Волконский — один из руководителей генерального следствия над Е. И. Пугачёвым и его главными сподвижниками.
В 1780 уволен в отставку. Водконский умер 8 декабря 1788 года и погребен в семейной усыпальнице в Боровском Пафнутьеве монастыре.
В 1745 году Михаил Никитич Волконский женился на Екатерине Алексеевне Макаровой, дочери кабинет-министра Петра I А. В. Макарова. В браке родились:
После смерти Павла Михайловича Волконского мужская линия черниговской ветви рода прервалась.