Родился в Черниговской губернии (территория современной Украины). Учился сначала в духовной семинарии, потом в народном училище. После учёбы три года служил канцелярским чиновником в суде и на почтамте.
В 1800—1802 годах учился в Академии художеств в Петербурге, получил чин архитектора 14-го класса. Молодому двадцатилетнему провинциалу получить хорошее место удалось не сразу.
В 1802—1806 годах «находился при строении лекционных театров Медико-хирургической Академии и Казанского собора», в министерстве внутренних дел. В марте 1805 года оренбургский военный губернатор Г. Волконский в частном письме просит министра внутренних дел графа В. Кочубея определить Малахова в Оренбург.
С февраля 1815 года зачислен архитектором в штат Екатеринбургских горных заводов, фактически — приступил к перестройке усадьбы Харитоновых-Расторгуевых.
В 1828 женился на дочери высокопоставленного чиновника Колобова — Вере, воспитал талантливых детей.
Огромен вклад М. П. Малахова в осуществление генерального плана Екатеринбурга. Под его руководством в Екатеринбурге построены наиболее ценные памятники архитектуры в стиле классицизма:
Участвовал в проектировании частных домов (напр. особняка купца Зота Блохина на ул. Куйбышева, 63, он же «Малый Рязановский дом»).
Усадьба Расторгуевых — Харитоновых
Загородная дача архитектора Малахова
Аптека горного ведомства
Дом Главного начальника горных заводов Хребта Уральского
Контора казённого чугунолитейного завода
Собор Святой Троицы